Το Αλ Αζχάρ, η υψηλότερη αρχή του σουνιτικού Ισλάμ, ελπίζει ότι θα αναπτύξει θετικότερες σχέσεις με το Βατικανό υπό τον Πάπα Φραγκίσκο, σε σχέση με εκείνες που διατηρούσε με τον Πάπα Βενέδικτο.
«Ελπίζουμε σε καλύτερες σχέσεις με το Βατικανό μετά την εκλογή του νέου Πάπα, για το καλό ολόκληρης της ανθρωπότητας», δήλωσε ο Μαχμούντ Αζάμπ, σύμβουλος του μεγάλου ιμάμη του Αλ Αζχάρ, του Αχμαντ αλ-Τάγεμπ, για το διαθρησκευτικό διάλογο.
«Μόλις εμφανισθεί μία νέα προοπτική, θα επανέλθουμε στο διάλογο με το Βατικανό που διακόπηκε στις αρχές του 2011», πρόσθεσε συγχαίροντας «όλους του καθολικούς σε ολόκληρο τον κόσμο» για την εκλογή.
Το 2006 ο Πάπας Βενέδικτος προκάλεσε ρήξη με τον μουσουλμανικό κόσμο επαναλαμβάνοντας τα λόγια βυζαντινού αυτοκράτορα που είχε καταλογίσει στον προφήτη Μωάμεθ ότι διαδίδει «αρνητικές και απάνθρωπες» ιδέες με τη χρήση βίας.
Ο διάλογος επανελήφθη το 2009, πριν διακοπεί και πάλι έπειτα από έκκληση του Πάπα για την προστασία των χριστιανικών μειονοτήτων μετά την επίθεση αυτοκτονίας εναντίον εκκλησίας στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου τη νύχτα της 31ης Δεκεμβρίου 2010.
Το Αλ Αζχάρ αποφάσισε να διακόψει τις συναντήσεις με το Βατικανό, θεωρώντας τις δηλώσεις του Πάπα Βενέδικτου για τους χριστιανούς της Ανατολής «επαναλαμβανόμενες επιθέσεις κατά του Ισλάμ».
Μετά την παραίτηση του Βενέδικτου XVI, οι μουσουλμάνοι ιερωμένοι της Αιγύπτου δήλωσαν ότι προσβλέπουν στην επανάληψη του διαλόγου με την καθολική εκκλησία επισημαίνοντας ότι η βελτίωση των σχέσεων εξαρτάται από τις θέσεις του νέου Πάπα για τον μουσουλμανικό κόσμο.
Μετά από τις εξεγέρσεις του 2011 στον αραβικό κόσμο, οι ισλαμιστές αναδείχθηκαν πρώτη πολιτική δύναμη σε πολλές χώρες της περιοχής, γεγονός που περιέπλεξε ακόμη περισσότερο τις σχέσεις με τις χριστιανικές μειονότητες. Το Αλ Αζχάρ και το Βατικανό είχαν αναπτύξει διάλογο για τη συνύπαρξη των θρησκειών κατά την εποχή του πάπα Ιωάννη Παύλου II.
Μετά τις δηλώσεις του το 2006, που προκάλεσαν διαδηλώσεις στο μουσουλμανικό κόσμο, ο πάπας Βένεδικτος είχε προσπαθήσει να καταπραΰνει την ένταση με την επίσκεψή του στο τέμενος Σουλτάν Αχμέτ στην Κωνσταντινούπολη.