Σημαντική εξέλιξη για το μέλλον της περιβαλλοντικής έρευνας και της διεπιστημονικής συνεργασίας στο Αιγαίο αποτελεί η εδραίωση της συνεργασίας ανάμεσα στο Ινστιτούτο Θαλάσσιας Προστασίας «Αρχιπέλαγος» και το Πανεπιστήμιο Αιγαίου. Έπειτα από πολύμηνη προεργασία υπογράφτηκε και εγκρίθηκε από τη Σύγκλητο του Πανεπιστημίου και από το ΔΣ του Αρχιπελάγους, συμφωνία μεταξύ των δύο φορέων, η οποία αναμένεται να συμβάλλει σημαντικά στην ανάδειξη παγκοσμίως της μοναδικής βιοποικιλότητας του Αιγαίου και να αποτελέσει σημαντικό μοχλό ανάπτυξης για τις νησιωτικές κοινωνίες.
Η συνεργασία προεκτείνεται σε όλο το πεδίο της περιβαλλοντικής εκπαίδευσης και της περιβαλλοντικής πολιτικής καθώς και στον διεπιστημονικό διεθνή διάλογο.
Το πρόγραμμα συνεργασίας θα υλοποιηθεί με τη μορφή διεθνών συνεργασιών για την οργάνωση μαθημάτων, ερευνών πεδίου, σεμιναρίων και επιστημονικών ημερίδων στη Σάμο και άλλα νησιά του Αιγαίου σε όλη την διάρκεια του έτους.
Με αφετηρία το νησί της Σάμου, και το «Μανιάκειο» κτίριο στη πόλη της Σάμου, ως χώρο στέγασης ενός Διεθνούς Κέντρου Σπουδών και έρευνας, ανοίγει μία νέα σελίδα στον τομέα της εφαρμοσμένης εκπαίδευσης στις περιβαλλοντικές επιστήμες και τον διεπιστημονικό διάλογο, που συνδυάζει την ακαδημαϊκή εμπειρία των επιστημόνων του Πανεπιστημίου, πλειάδας ξένων πανεπιστημίων από όλες σχεδόν τις Ηπείρους του πλανήτη και τις δράσεις περιβαλλοντικής προστασίας που υλοποιεί επί μια δεκαετία το «Αρχιπέλαγος» στο Αιγαίο.
Η συνεργασία των δύο φορέων προβλέπει μεταξύ άλλων τη διοργάνωση ερευνητικών δραστηριοτήτων εκπαιδευτικού και επιστημονικού χαρακτήρα με αξιοποίηση του ανθρώπινου δυναμικού και εξοπλισμού του Αρχιπελάγους και του Πανεπιστημίου σε συνεργασία με άλλα πανεπιστήμια της Ελλάδας και του εξωτερικού. Σε αυτή την κατεύθυνση θα συμβάλλει σημαντικά το δίκτυο συνεργασιών που διατηρεί το «Αρχιπέλαγος» με πανεπιστημιακά ιδρύματα του της Ευρώπης και της Αμερικής.
Για τον σκοπό της ενίσχυσης αυτών των συνεργασιών, συνεργάτες του Ινστιτούτου βρίσκονται αυτή την περίοδο στις ΗΠΑ, όπου πραγματοποιούν σειρά ομιλιών και συναντήσεων με εκπροσώπους κορυφαίων αμερικανικών πανεπιστημίων (Harvard, Yale, Columbia, Princeton, George Mason, Rutgers κ.α.) με αντικείμενο την υλοποίηση προγραμμάτων σπουδών και ερευνητικών δραστηριοτήτων σε νησιά του Αιγαίου. Οι συνεργασίες αυτές θα τοποθετήσουν αυτόματα τις περιοχές όπου κατά κύριο λόγο δραστηριοποιείται το «Αρχιπέλαγος» (Σάμος, Ικαρία, Φούρνοι, βόρεια Δωδεκάνησα) στον παγκόσμιο χάρτη με τους πιο αξιόλογους προορισμούς της διεθνούς επιστημονικής κοινότητας για την ανάπτυξη εκπαιδευτικών δραστηριοτήτων που σχετίζονται με το περιβάλλον.
Υπογραμμίζεται ότι οι εκπαιδευτικές και ερευνητικές δραστηριότητες που θα προκύψουν δεν συνεπάγονται δαπάνες από δημόσιους πόρους, καθώς πρόκειται για απόλυτα αυτοχρηματοδοτούμενες δράσεις. Η συνεργασία των δύο οργανισμών αποτελεί ένα ενιαίο project το οποίο διευθύνεται από τριμελή Επιτροπή Διαχείρισης Έργου την οποία αποτελούν εκπρόσωποι της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Αιγαίου, του Αρχιπελάγους και της Εταιρείας Αξιοποίησης και της Εταιρείας Αξιοποίησης και Διαχείρισης Περιουσίας Πανεπιστημίου Αιγαίου Α.Ε., υπό την επιστημονική εποπτεία του Ομότιμου Καθηγητή Κωνσταντίνου Μαν. Σοφούλη.