Με επιστολή του στον πρωθυπουργό, ο Χάρης Παμπούκης γνωστοποίησε τους λόγους που τον ώθησαν να παραιτηθεί. Μεταξύ άλλων τονίζει πως η κόντρα που προέκυψε για την επανασύσταση του υπουργείου Ναυτιλίας ήταν ο λόγος που προέβη στο να παραιτηθεί.
Η επιστολή παραίτησης έχει ως εξής:
«Σε μια κρίσιμη στιγμή για τον τόπο οφείλουμε να μην υπακούμε σε δογματισμούς και προσωπικές στρατηγικές, που δεν εξυπηρετούν τους εθνικούς στόχους. Σήμερα, κύριο ζητούμενο είναι η ανάπτυξη και η ναυτιλία μπορεί να συμβάλλει στην επίτευξη αυτού του στόχου.
Επί δύο μήνες κατέβαλλα προσπάθειες να ανασυγκροτήσω ένα εθνικά ωφέλιμο τομέα. Εντούτοις, δεν μπορούσαν να έχουν το επιδιωκόμενο αποτέλεσμα χωρίς την αναγκαία πολιτική συγκρότηση μέσω της επανασύστασης του Υπουργείου Ναυτιλίας. Ενός, δηλαδή, θεσμικού εργαλείου του κράτους.
Πρόσφατα διατύπωσα δημοσίως με καθαρότητα και παρρησία την πρόταση για την επανασύσταση του Υπουργείου Ναυτιλίας, η οποία υπηρετεί το προφανές. Τη θέση αυτή, άλλωστε, έχουν υιοθετήσει όλοι οι κοινωνικοί φορείς και πέραν του χώρου της ναυτιλίας.
Θεωρώ αυτονόητη πολιτική υποχρέωση να υπερασπίζεται κανείς και να διατυπώνει θέσεις προς όφελος του εθνικού συμφέροντος. Και προφανώς η πολιτική αδικείται, όταν προσλαμβάνει προσωπικά χαρακτηριστικά.
Η συμμετοχή μου στα πολιτικά δρώμενα της χώρας σ’ αυτήν τη χρονικά ιστορική περίοδο είχε ως αποκλειστικό γνώμονα τη συμβολή μου στην υπέρβαση της εθνικής κρίσης, το οποίο θεωρώ πατριωτικό καθήκον όλων μας. Ακόμα και όταν δεν συμφωνούσα με όλες τις αποφάσεις οι οποίες ελήφθησαν.
Η αμετάκλητη απόφαση μου να παραιτηθώ επιβεβαιώνει πλήρως τον χαρακτήρα και την ουσία της εμπλοκής μου στην πολιτική. Αποτελεί πράξη ευθύνης, πράξη ενός ανθρώπου που δεν είχε ποτέ σχέση εξάρτησης με θέσεις ή καρέκλες. Είναι αυτονόητη πράξη αξιοπρέπειας.
Θέλω να ευχαριστήσω τον Πρωθυπουργό για την τιμή συμμετοχής στην ευθύνη καθώς επίσης τους συνεργάτες μου, οι οποίοι στήριξαν αυτήν την προσπάθεια σε όλο το διάστημα της κυβερνητικής μου θητείας. Εύχομαι στην Κυβέρνηση να συνεχίσει απρόσκοπτα και με επιτυχία το εθνικό της έργο.
Χ. Π. Παμπούκης»