Θέματα της Εκκλησίας της Ελλάδος ρυθμίζει τροπολογία που κατατέθηκε στη Βουλή από τους συναρμόδιους υπουργούς. Με τις προωθούμενες διατάξεις η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδος αποκτά τη δυνατότητα κατάρτισης Μητρώου των εν ενεργεία εφημερίων, διακόνων και ιεροκηρύκων των Ιερών Μητροπόλεων.
Με Κανονισμό, που εγκρίνεται από την Ιερά Σύνοδο της Ιεραρχίας (ΙΣΙ), κατόπιν εισηγήσεως της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου (ΔΙΣ), καθορίζονται τα καταχωριζόμενα στοιχεία και δεδομένα του Μητρώου, καθώς και οι προϋποθέσεις και ο τρόπος τήρησης, διάρθρωσης, λειτουργίας, ενημέρωσης και διασύνδεσης του Μητρώου με άλλα αρχεία και ο τρόπος δημοσίευσης των στοιχείων του. Διευκρινίζεται, επίσης, ότι οι Ιερές Μητροπόλεις υποχρεούνται να ενημερώνουν σχετικά με τους θρησκευτικούς λειτουργούς τους το μητρώο θρησκευτικών λειτουργών, ανεξάρτητα από τη λειτουργία του Μητρώου Ιεράς Συνόδου. Επίσης, κατατάσσονται και τα Ιερά Ησυχαστήρια στα ΝΠΙΔ, για τα οποία ισχύουν οι ρυθμίσεις της κείμενης νομοθεσίας για τις Ιερές Μονές (άσκηση εποπτείας από τον οικείο μητροπολίτη κ.λπ.).
Παράλληλα, δίνεται εξουσιοδότηση στην Ιερά Σύνοδο της Ιεραρχίας να εκδίδει κανονισμούς λειτουργίας των εκκλησιαστικών νομικών προσώπων.
Προβλέπεται, ακόμη, ότι στο ηλεκτρονικό μητρώο θρησκευτικών λειτουργών που τηρείται στο υπουργείο Παιδείας περιλαμβάνονται εφεξής όλοι οι θρησκευτικοί λειτουργοί της Εκκλησίας της Ελλάδος, της Εκκλησίας της Κρήτης, των Ιερών Μητροπόλεων Δωδεκανήσου, των Μουφτειών της Θράκης και των Ισραηλιτικών Κοινοτήτων.
Παρέχεται, επίσης, η δυνατότητα επιχορήγησης από τον κρατικό προϋπολογισμό του Ινστιτούτου Ορθόδοξης Θεολογίας που λειτουργεί στο Ορθόδοξο Κέντρο του Οικουμενικού Πατριαρχείου στη Γενεύη και για τη λειτουργία κύκλου σπουδών μεταπτυχιακού επιπέδου (σήμερα το Ινστιτούτο επιχορηγείται μόνο για την ίδρυση αυτού), ενώ δυνατότητα επιχορήγησης από τον κρατικό προϋπολογισμό προβλέπεται και για τα ερευνητικά κέντρα και τους φορείς για την υλοποίηση ερευνητικών, εκπαιδευτικών και επιμορφωτικών προγραμμάτων, με σκοπό την προώθηση του θρησκευτικού διαλόγου, την καταπολέμηση της μισαλλοδοξίας, του ρατσισμού και του αντισημιτισμού.
Εξάλλου, τον προϋπολογισμό του υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων θα βαρύνουν οι δαπάνες λειτουργίας των Μουφτειών, με τροπολογία που κατατέθηκε στη Βουλή από την κυβέρνηση. Με την ίδια τροπολογία ο οικονομικός και διαχειριστικός έλεγχος των Μουφτειών διενεργείται κατόπιν έκδοσης Κοινής Υπουργικής Απόφασης, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία. Προβλέπεται, ακόμη, η υποχρεωτική αποχώρηση των Μουφτήδων ή των Τοποτηρητών Μουφτήδων από την υπηρεσία με τη συμπλήρωση του 67ου έτους της ηλικίας τους. Όπως αναφέρεται στην εισηγητική έκθεση, με τις προωθούμενες διατάξεις θεραπεύεται το υφιστάμενο νομοθετικό κενό για τον τρόπο κάλυψης των δαπανών λειτουργίας των Μουφτειών της Θράκης και υπηρετείται ο βασικός στόχος της διαφάνειας και της υποστήριξης των Μουφτειών, ώστε να εξυπηρετούνται με τον καλύτερο δυνατό τρόπο οι θρησκευτικές ανάγκες της μουσουλμανικής μειονότητας.
Ως προς τη θητεία των Μουφτήδων, σημειώνεται ότι στόχος της διάταξης είναι να μπορεί η πολιτεία να προγραμματίζει την ομαλή διαδοχή στην υπηρεσία. Οι υπηρετούντες Μουφτήδες και Τοποτηρητές που έχουν υπερβεί το όριο ηλικίας συνεχίζουν να υπηρετούν και να ασκούν κανονικώς και πλήρως τα καθήκοντά τους για ένα διάστημα μέχρι δύο μήνες από την έναρξη ισχύος της τροπολογίας, ώστε να υπάρξει ο αναγκαίος χρόνος επιλογής των Τοποτηρητών ή των νέων Μουφτήδων.
Η ρύθμιση αποσκοπεί στην εκπλήρωση της αρχής της συνέχειας στη δημόσια υπηρεσία της Μουφτείας, ενώ με διάταξη που έχει περιληφθεί στο κείμενο της τροπολογίας δίνεται νομοθετική εξουσιοδότηση, ώστε με απόφαση του υπουργού Παιδείας να μπορεί να παρατείνεται η προβλεπόμενη προθεσμία για την κατ’ εξαίρεση πρόσληψη σε θέσεις Ιεροδιδασκάλων, Ελλήνων πολιτών της μουσουλμανικής μειονότητας, αποφοίτων Ιεροσπουδαστηρίων Εχίνου και Κομοτηνής Πρωτοβάθμιας ή Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης με δεκαετή προϋπηρεσία στο αντικείμενο.
