Υποτροφία ύψους 27.000 πήρε το 2017, ως υποψήφιος διδάκτορας για το Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών, ο γιος του νυν αναπληρωτή υπουργού Έρευνας Κώστα Φωτάκη.
Σύμφωνα με ρεπορτάζ της εφημερίδας «Τα Νέα», η υποτροφία δόθηκε από το Ελληνικό Ίδρυμα Έρευνας και Καινοτομίας, το οποίο σχεδίασε και δημιούργησε ο πατέρας του.
Το δημοσίευμα αναφέρει πως υιός Φωτάκης ήταν ένας καλός φοιτητής με πολύ ενδιαφέρον βιογραφικό, θέτει όμως το ερώτημα πόσο ηθικό είναι να θέσει την υποψηφιότητά του σε περίοδο που ο πατέρας του είναι υπουργός, και μάλιστα εκείνος που συγκρότησε το συγκεκριμένο ίδρυμα.
Η εφημερίδα απευθύνθηκε στον Κώστα Φωτάκη, ο οποίος απάντησε πως δεν προΐσταται του συγκεκριμένου ιδρύματος και δεν έχει σχέση με τα μέλη του. Πρόσθεσε πως ο γιος του είναι ανεξάρτητος και ότι μόνος του αποφάσισε να βάλει υποψηφιότητα για υποτροφία. Σχολιάζει ότι δεν μπορεί από την πλευρά του να στερηθεί του δικαιώματος να συμμετάσχει σε μία τέτοια διαδικασία, μόνο και μόνο επειδή ο πατέρας του είναι υπουργός.
Ο πρόεδρος του Ιδρύματος Ξενοφών Βερύκιος απαντά από την πλευρά του πως το ΕΛΔΙΚ λειτουργεί εντελώς ανεξάρτητα από το υπουργείο Παιδείας, το επιστημονικό του συμβούλιο δεν έχει οριστεί από τον Κώστα Φωτάκη και πως οι υποτροφίες δίνονται ύστερα από κρίση εξωτερικών αξιολογητών.