Δεν αποδέχεται τη πρόταση Παπανδρέου να αναλάβει τη θέση γραμματέα της ΚΟ μετά την αποχώρηση του Χρήστου Παπουτσή. Ο κ. Παπαϊωάννου σύμφωνα με πληροφορίες δεν είχε ερωτηθεί και πληροφορήθηκε ότι «μετατίθεται» όταν άκουσε τη λίστα της νέας κυβέρνησης.
Σήμερα μιλώντας στον realfm 97.8 δήλωσε: «Πρέπει να συνεχίσω από εκεί που ξεκίνησα» και «πρέπει να αναβαθμίσουμε το Κοινοβούλιο και τις Επιτροπές».
Στη συνέντευξη του επίσης ανέφερε ότι είναι δύσκολο και για εκείνον να βρίσκεται σε μία θέση που θα πρέπει να ανακοινώνει αποφάσεις στις οποίες δεν συμμετέχει και μπορεί να μην συμφωνεί συνειδησιακά.
Κύκλοι της Ιπποκράτους πάντως, σχετικά με την άρνηση αυτή δήλωσαν: «το θέμα παραμένει εκκρεμές».
