Κομβικό ρόλο στη διαμόρφωση των πολιτικών και ανάπτυξης στα νησιά, αναλαμβάνει πλέον το υπουργείο Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής με τη συγκρότηση, από τον γενικό γραμματέα Αιγαίου Ιωάννη Γιαννέλη, του Συμβουλίου Νησιωτικής Πολιτικής. Η δημιουργία του Συμβουλίου, είχε ψηφισθεί με τον νόμο 4150 από τη βουλή το 2013, αλλά έως σήμερα υπήρχε αδράνεια για τη συγκρότησή του και τη λειτουργία του.
Το συμβούλιο θα λειτουργεί ως γνωμοδοτικό και συμβουλευτικό όργανο προς τον πρωθυπουργό για τις βασικές αρχές χάραξης πολιτικών στους διάφορους τομείς της οικονομικής και κοινωνικής ανάπτυξης των νησιών, αλλά και στη σχεδίαση και υλοποίηση νησιωτικών πολιτικών.
Ήδη, ο γενικός γραμματέας Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής Ιωάννης Γιαννέλης, με επιστολή του προς τον πρωθυπουργό Αλέξη Τσίπρα από τις 24 Ιουλίου, ζητεί να παραβρεθεί στη σύγκληση των εργασιών της πρώτης συνεδρίασης, που αναμένεται να γίνει το επόμενο προσεχώς διάστημα, προκειμένου να παρουσιάσει τις πολιτικές προτεραιότητες της κυβέρνησης, στο πλαίσιο άσκησης των νησιωτικών πολιτικών.
Ο χώρος ευθύνης του Συμβουλίου είναι όλα τα νησιά της επικράτειας και σε αυτό θα συμμετέχουν γενικοί γραμματείς υπουργείων και των Αποκεντρωμένων Διοικήσεων, οι περιφερειάρχες και οι αντιπεριφερειάρχες που έχουν στην αρμοδιότητάς τους νησιά, εκπρόσωποι των επιμελητηρίων, ενώσεων γεωργικών συνεταιρισμών, ακτοπλόων, του δικτύου μικρών νησιών και της εθνικής συνομοσπονδίας ατόμων με αναπηρία.
Σημειώνεται ότι η λειτουργία του Συμβουλίου Νησιωτικής Πολιτικής προβλέπει την αρχή της νησιωτικότητας. Δηλαδή, κάθε νομοσχέδιο που έρχεται προς ψήφιση στη Βουλή θα πρέπει να αξιολογείται, ως προς τις επιπτώσεις του στις νησιωτικές περιοχές, και να υπάρχουν οι ανάλογες αντισταθμιστικές ενέργειες ή παρεμβάσεις αφού πρώτα έρθει για διαβούλευση στη Γενική Γραμματεία Αιγαίου.
Η ρήτρα της νησιωτικότητας περιλαμβάνει το μεταφορικό ισοδύναμο στην ακτοπλοΐα που δεν έχει εφαρμοστεί ποτέ έως τώρα για τους κατοίκους των νησιών. Με το μεταφορικό ισοδύναμο δίνεται η δυνατότητα από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή όπως έγινε σε άλλες χώρες της Ευρώπης με πολυνησία για παράδειγμα στην Κορσική, στη Γαλλία και στην Πορτογαλία, να χρησιμοποιούν κοινοτικούς πόρους προκειμένου να επιδοτηθεί το κόστος μεταφοράς στα νησιά καθώς θεωρείται δικαίωμα του νησιώτη να απολαμβάνει μεταφορικές υπηρεσίες με το ίδιο κόστος που το απολαμβάνει ο κάτοικος της Αθήνας και άλλων περιοχών.
Ήδη σχετική μελέτη για την εφαρμογή του μεταφορικού ισοδυνάμου στα δρομολόγια των Άγονων Γραμμών, έχει παρουσιαστεί σε ημερίδα για το ακτοπλοϊκό στη Νάξο. Επίσης το άρθρο 174 της Συνθήκης της Λισαβόνας, προβλέπει συγκεκριμένα μέτρα για τον νησιωτικό χώρο, αλλά και εξειδικευμένη νησιωτική πολιτική σε ευρωπαϊκό επίπεδο.
Πέρα από το μεταφορικό ισοδύναμο, η ρήτρα νησιωτικότητας προβλέπει συγκεκριμένες οικονομικές πολιτικές καθώς δεν είναι αποδεκτό να αγνοούνται κρίσιμοι παράμετροι όπως η γεωγραφική ασυνέχεια, οι δυσκολίες στην επικοινωνία και τις συγκοινωνίες, το υψηλό κόστος μεταφοράς αγαθών, υπηρεσιών και ανθρώπων, στοιχεία που χαρακτηρίζουν τις νησιωτικές περιοχές.
Το ίδιο ισχύει για τις ιατρικές υπηρεσίες και τους γιατρούς του ΕΣΥ, τις συναλλαγές του πολίτη με τη δημόσια διοίκηση, την ανάπτυξη καινοτόμων επιχειρήσεων κ.α.
Η δημιουργία του Συμβουλίου Νησιωτικής Πολιτικής, προβλέπει και τη σύσταση Ερευνητικού Ινστιτούτου Νησιωτικής Πολιτικής που υπάγεται στην εποπτεία του υπουργείου Ναυτιλίας με έδρα τη Γενική Γραμματεία Αιγαίου στη Μυτιλήνη. Το ινστιτούτο θα υποστηρίζεται επιστημονικά από το πανεπιστήμιο Αιγαίου.