Η Ιερά Σύνοδος της Σερβικής Ορθόδοξης Εκκλησίας ανακοίνωσε ότι «κατά τη διάρκεια της σημερινής διευρυμένης συνεδρίασής της, αποφάσισε να κινήσει εκκλησιαστική-δικαστική διαδικασία κατά του αρχιεπισκόπου Στέφανου, προκαθήμενου της «Μακεδονικής Ορθόδοξης Εκκλησίας», η οποία βρίσκεται σε σχίσμα με την Ορθόδοξη Εκκλησία, λόγω της εμμονής της τελευταίας να συνεχίζει το σχίσμα και της μη χριστιανικής ανάμιξης της στη δίωξη κατά του Αρχιεπισκόπου Ιωάννη, νόμιμου προκαθήμενου της αυτόνομης Αρχιεπισκοπής της Αχρίδας και των ιερέων και των πιστών αυτής, καθώς και για άλλες πολλές δραστηριότητες που έρχονται σε αντίθεση με τους εκκλησιαστικούς κανόνες».
Ο εκπρόσωπος της αυτοαποκαλούμενης «Μακεδονικής Ορθόδοξης Εκκλησίας», Τιμόθεος, σχολιάζοντας την απόφαση αυτή της Ιεράς Συνόδου της Σερβικής Ορθόδοξης Εκκλησίας, ανέφερε ότι αυτή δεν έχει κανένα νόημα και σημασία, καθώς, όπως είπε, η «Μακεδονική Ορθόδοξη Εκκλησία» αυτονομήθηκε το 1959 από την Σερβική Ορθόδοξη Εκκλησία και η τελευταία δεν έχει απολύτως καμία δικαιοδοσία στην ΠΓΔΜ.
Οι σχέσεις των εκκλησιών της Σερβίας και της ΠΓΔΜ έχουν διαταραχθεί ιδιαίτερα τα τελευταία χρόνια, κυρίως λόγω της δίωξης του αρχιεπισκόπου Ιωάννη, ο οποίος από το 2002 που αποπέμφθηκε από τις τάξεις της αυτοαποκαλούμενης «Μακεδονικής Ορθόδοξης Εκκλησίας» βρίσκεται συνεχώς στο στόχαστρο των διωκτικών αρχών της ΠΓΔΜ.
Ο Ιωάννης βρίσκεται στις φυλακές των Σκοπίων όπου εκτίει ποινή φυλάκισης τριών χρόνων, για υπεξαίρεση 250.000 ευρώ την περίοδο 1998-2002, όταν ήταν μητροπολίτης Βελεσσών και Παραβαρδαρίου της αυτοαποκαλούμενης «Μακεδονικής Ορθόδοξης Εκκλησίας».
Ο ίδιος θεωρεί τις κατηγορίες και διώξεις εις βάρος του από τις αρχές της ΠΓΔΜ ως υποκινούμενες.
Ο Ιωάννης αποπέμφθηκε το 2002 από τις τάξεις της αυτοαποκαλούμενης «Μακεδονικής Ορθόδοξης Εκκλησίας» διότι είχε υποστηρίξει συμβιβαστική πρόταση για την εξεύρεση λύσης στη διαφορά μεταξύ της Σερβικής Ορθόδοξης Εκκλησίας και της αποσχισθείσας «Μακεδονικής Ορθόδοξης Εκκλησίας».
Η συμβιβαστική εκείνη πρόταση είχε απορριφθεί από την εκκλησία της ΠΓΔΜ, η οποία και απέπεμψε τον Ιωάννη από τους κόλπους της.
Αμέσως μετά την αποπομπή του, ο Ιωάννης προσχώρησε σε κοινωνία με τη Σερβική Ορθόδοξη Εκκλησία και προχώρησε στην επανίδρυση της «Ορθόδοξης Αρχιεπισκοπής της Αχρίδας» στην ΠΓΔΜ, έτσι λεγόταν επισήμως μέχρι το 1967 η μετέπειτα αυτοαποκαλούμενη «Μακεδονική Ορθόδοξη Εκκλησία» και ορίστηκε αρχιεπίσκοπός της.
Οι διώξεις εις βάρος του Ιωάννη από τις διωκτικές αρχές της ΠΓΔΜ έχουν επικριθεί έντονα από διεθνείς οργανισμούς, ενώ την αποφυλάκιση του έχουν ζητήσει τόσο η Σερβική Ορθόδοξη Εκκλησία όσο και ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος, χωρίς ωστόσο οι εκκλήσεις τους να έχουν γίνει ακουστές.
Η Ορθόδοξη Εκκλησία της ΠΓΔΜ αυτονομήθηκε το 1959 από την Σερβική Ορθόδοξη Εκκλησία και το 1967 αποσχίσθηκε από αυτήν, κηρύσσοντας το αυτοκέφαλο της με την ονομασία «Μακεδονική Ορθόδοξη Εκκλησία», η οποία δεν αναγνωρίζεται από καμία Ορθόδοξη Εκκλησία του κόσμου.
Η «Ορθόδοξη Αρχιεπισκοπή της Αχρίδας», επικεφαλής της οποίας είναι ο Ιωάννης, δεν αναγνωρίζεται από τις αρχές της ΠΓΔΜ και η δράση της είχε θεωρηθεί ότι είναι «απειλητική» για τη χώρα.
