Οι χειρισμοί της κυβέρνησης ΣΥΡΙΖΑ αναφορικά με την υπόθεση Novartis βρέθηκαν στο επίκεντρο της κόντρας που ξέσπασε στην Ολομέλεια της Βουλής μεταξύ του υπουργού Δικαιοσύνης, Γιώργου Φλωρίδη, και του βουλευτή της Νέας Αριστεράς, Δημήτρη Τζανακόπουλου.
Ειδικότερα, το μέλος της κυβέρνησης, με αφορμή την επίθεση που εξαπέλυσε ο βουλευτής της ελάσσονος αντιπολίτευσης στην Εισαγγελία του Αρείου Πάγου (για την ανακοίνωση που εξέδωσε αναφορικά με την υπόθεση των τηλεφωνικών υποκλοπών) ανέφερε πως: «ο ΣΥΡΙΖΑ είχε επισκεφθεί την Εισαγγελία του Αρείου Πάγου προκειμένου να ενημερωθεί για την εξέλιξη της υπόθεσης των υποκλοπών. Υπήρξαν παράλληλα αιτιάσεις για κουκούλωμα της υπόθεσης και άλλα. Όταν τελικά ολοκληρώθηκε η έρευνα η Εισαγγελέας του Αρείου Πάγου ενημέρωσε επίσημα τον λαό. Ξέρετε άλλο τρόπο για την επίσημη ενημέρωση των πολιτών εκτός από την ίδια την εισαγγελία; Εμείς δεν κάνουμε αυτά που κάνατε εσείς κ Τζανακόπουλε, που πηγαίνατε στον Άρειο Πάγο, στην Τουλουπάκη και τους συνεργάτες της για να ενημερωθείτε για τη σκευωρία Novartis που στήσατε».
Ο κ. Τζανακόπουλος απάντησε πως εκείνη την εποχή ο ίδιος ως κυβερνητικός εκπρόσωπος είχε υποχρέωση να επισκεφτεί το ανώτατο δικαστήριο, προκειμένου να ενημερωθεί για την υπόθεση Novartis. «Υπήρχαν δημοσιεύματα τότε που ενέπλεκαν στην υπόθεση πρώην υπουργούς και πρωθυπουργούς. Είχα υποχρέωση να ενημερωθώ για ένα ζήτημα που αφορούσε τη λειτουργία του πολιτεύματος όχι ως προς την ουσία της δικογραφίας αλλά ως προς την ύπαρξη της».
«Καλύτερα να μη μιλούσατε καθόλου κ. Τζανακόπουλε. Το κάνατε χειρότερο» του απάντησε ο κ. Φλωρίδης. Και πρόσθεσε: «Ομολογήσατε ευθεία παράβαση του Συντάγματος που λέει πως όταν οι δικαστικοί λειτουργοί συναντήσουν όνομα πολιτικού, στέλνουν αμελλητί στη Βουλή τη δικογραφία. Αυτό που κάνατε σημαίνει παραβίαση της ανεξαρτησίας των εξουσιών. Θέλατε να τα καταπατήσετε όλα, στήσατε τη σκευωρία για να οδηγήσετε στα δικαστήρια ανθρώπους χωρίς στοιχεία. Καταλύσατε κάθε έννοια διάκρισης εξουσιών».