Σοβαρό πρόβλημα έλλειψης προσωπικού αντιμετωπίζουν οι κεντρικές υπηρεσίες στην έδρα της Περιφέρειας Ανατολικής Μακεδονίας – Θράκης, στην Κομοτηνή, αλλά και στην Περιφερειακή Ενότητα Ροδόπης (πρώην νομαρχιακή αυτοδιοίκηση Ροδόπης).
Τόσο οι επιτελικές υπηρεσίες της Περιφέρειας όσο και αυτές με τοπική αρμοδιότητα τη Ροδόπη, καλούνται ουσιαστικά να στελεχωθούν από το προσωπικό που υπηρετούσε στην καταργηθείσα νομαρχιακή αυτοδιοίκηση Ροδόπης, η οποία ήδη πριν τη δημοσίευση του «Καλλικράτη» υστερούσε σε προσωπικό εξαιτίας της διαρροής υπαλλήλων με μετατάξεις προς την τότε Κρατική Περιφέρεια λόγω καλύτερων αποδοχών.
Το δε υπηρετούν προσωπικό που απέμεινε μετά τις προβλεπόμενες από τον «Καλλικράτη» μετακινήσεις προσωπικού προς τον δήμο της Κομοτηνής, επιδείνωσε περαιτέρω την κατάσταση.
Σε σύνολο 1.355 εργαζομένων στην Περιφέρεια Ανατολικής Μακεδονίας- Θράκης υπηρετούν στην Κομοτηνή συνολικά 181 άτομα, έναντι 417 στον Έβρο, 319 στη Δράμα, 216 στην Καβάλα και 222 στην Ξάνθη.
Συνολικά στη Ροδόπη, επί συνόλου 181 υπαλλήλων οι 65 κατέχουν θέση προϊσταμένου ενώ υπάρχουν ελάχιστοι υφιστάμενοι. Η κυριότερη ένδεια που παρατηρείται, είναι σε διοικητικούς υπαλλήλους, των οποίων η συμβολή είναι θεμελιώδους σημασίας για την οργάνωση και συστηματοποίηση της λειτουργίας των νέων υπηρεσιών.
Στις διευθύνσεις Περιβάλλοντος και Χωρικού Σχεδιασμού, Αγροτικής Οικονομίας, Κτηνιατρικής, Βιομηχανίας, Ενέργειας και Φυσικών Πόρων, Δημόσιας Υγείας, Πολιτικής Προστασίας, Εσωτερικού Ελέγχου της έδρας της Περιφέρειας δεν υπηρετεί κανένας διοικητικός υπάλληλος, ενώ μηδενική είναι η στελέχωση στη νομική υπηρεσία και στο αυτοτελές γραφείο Τύπου. Αντίστοιχη είναι η κατάσταση και στις υπηρεσίες της Περιφερειακής Ενότητας Ροδόπης.
Μέχρι την οριστική διευθέτηση του προβλήματος, η Περιφέρεια πρότεινε την αλλαγή του σχετικού νομοθετικού πλαισίου ώστε να επιτραπεί η μετακίνηση περιορισμένου αριθμού υπαλλήλων από τις Περιφερειακές Ενότητες προς την έδρα της Περιφέρειας, με μέσα της Περιφέρειας χωρίς οικονομική επιβάρυνση των υπαλλήλων.
Αναμένεται η έγκριση από το υπουργείο Εσωτερικών της πρόσληψης 30 ατόμων με σύμβαση 8 μηνών. Επίσης, ζητήθηκε νομοθετική παρέμβαση για την μεταφορά αρμοδιοτήτων από την έδρα της Περιφέρειας στις Περιφερειακές Ενότητες.