Το οικοσύστημα της λίμνης Κουμουνδούρου απειλείται σε μεγάλο βαθμό από τις υπόγειες διαρροές πετρελαίου ενώ στην υποβάθμιση του συμβάλουν και η ατμοσφαιρική ρύπανση από τα φουγάρα των γύρω βιομηχανιών, οι δεξαμενές καυσίμων και τα στραγγίσματα από τις χωματερές.
Πολλά είδη πτηνών δίνουν καθημερινά μάχη με τη μόλυνση καθώς η λίμνη βρίσκεται εντός της βιομηχανικής ζώνης, μεταξύ του Σκαραμαγκά και των διυλιστηρίων πετρελαίου, στο 15ο χιλιόμετρο της εθνικής οδού Αθηνών-Κορίνθου.
Ο Γιώργος Νικολάου, μέλος της Διαρκούς Κίνησης Χαιδαρίου, μίας ομάδας πολιτών με περιβαλλοντική και πολιτιστική δράση, που παρατηρεί τα τελευταία δύο χρόνια τη λίμνη, δήλωσε στην εφημερίδα «Έθνος» ότι: «Οι φαλαρίδες γεννούν μέσα στις βρώμικες όχθες. Οι απειλούμενες παγκοσμίως με εξαφάνιση βαλτόπαπιες διαχειμάζουν εκεί. Μέχρι νεροχελώνα εντοπίσαμε πριν από λίγες μέρες μέσα στο πετρέλαιο».
Η λίμνη αποτελεί ένα πολύ επιβαρημένο μικρό οικοσύστημα με πολύ ευαίσθητες ισορροπίες. Υπάρχουν οι προϋποθέσεις, που περιοδικά θα οδηγούν το σύστημα της λίμνης σε συνθήκες παροδικού θανάτου, τόνισαν οι επιστήμονες.
Η Ορνιθολογική Εταιρεία από την καταγραφή των πουλιών, που πραγματοποίησε το 2009 και παρουσίασε το 2010, στο πλαίσιο ενός γενικού προγράμματος καταγραφής των πτηνών όλων των υγρότοπων της Αττικής, έδειξε ότι η συγκεκριμένη λίμνη φιλοξενεί 38 είδη πουλιών και κυρίως υδρόβιων και γλαρόμορφων.
Στη λίμνη παρατηρήθηκαν ακόμη πέντε είδη, που περιλαμβάνονται στον κατάλογο «Παράρτημα Ι της Ευρωπαϊκής Οδηγίας 79/409» με τα ευάλωτα και απειλούμενα με εξαφάνιση είδη και υποείδη. Ακόμη, ιδιαίτερα σημαντική είναι η παρουσία της βαλτόπαπιας στην περιοχή, που έχει χαρακτηριστεί ως «τρωτό είδος» στην κόκκινη λίστα με τα απειλούμενα είδη. Από τις σημαντικότερες παρατηρήσεις είναι η παρουσία 1.060 ατόμων φαλαρίδας, το Δεκέμβριο του 2008.
