Αντιμέτωποι με κατηγορίες σε βαθμό κακουργήματος βρίσκονται δύο πρώην πρυτάνεις του ΑΠΘ, ισάριθμοι πρώην αντιπρυτάνεις του ίδιου ιδρύματος και τα μέλη της διοίκησης του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας (ΕΛΚΕ), για απώλεια 1,5 εκατομμυρίου ευρώ, κατά την περίοδο 2005-2010, από κακοδιαχείριση. Η υπόθεση συνδέεται με τη διαχείριση των χρημάτων του ΕΛΚΕ και άρχισε να ερευνάται τα τελευταία χρόνια από τις ελεγκτικές υπηρεσίες, ύστερα από σχετικές καταγγελίες.
Σύμφωνα με πληροφορίες του Αθηναϊκού Πρακτορείου, στο μικροσκόπιο των ελεγκτών του ΣΔΟΕ και των οικονομικών επιθεωρητών βρέθηκε ο τραπεζικός λογαριασμός του ΕΛΚΕ, με αποθεματικό περίπου 50 εκατ. ευρώ, ποσό το οποίο φαίνεται ότι «λίμναζε» επί χρόνια σε λογαριασμό όψεως τράπεζας, με επιτόκιο 0,7%, χωρίς να έχει προηγηθεί κάποια ειδική επενδυτική συμφωνία μεγαλύτερης απόδοσης, ούτε καν να έχουν ληφθεί προσφορές από άλλα τραπεζικά ιδρύματα για μεγαλύτερες αποδόσεις σε ένα τόσο μεγάλο ποσό.
Τελικά, το 2010 τα χρήματα «κλείστηκαν» στην ίδια τράπεζα, με πολύ μεγαλύτερο επιτόκιο (7,8%), αφού όμως χάθηκε, σύμφωνα με το πόρισμα των ελεγκτών, ποσό της τάξεως του 1,5 εκατ. ευρώ, λόγω του ασύμφορου επιτοκίου.
Μετά την ολοκλήρωση της έρευνας, ο εισαγγελέας διαφθοράς Θεσσαλονίκης, Αχιλλέας Ζήσης, αξιολογώντας όλα τα ευρήματα, εισηγήθηκε την παραγγελία ποινικής δίωξης σε βάρος των εμπλεκόμενων προσώπων κατά την επίμαχη 5ετία -κατά περίπτωση- για τις πράξεις της απιστίας στην υπηρεσία, σε βάρος Νομικού Προσώπου Δημοσίου Δικαίου και της άμεσης συνέργειας στην παραπάνω απιστία. Τις επόμενες εβδομάδες η ειδική ανακρίτρια διαφθοράς Θεσσαλονίκης θα καλέσει όλους τους παραπάνω σε απολογία.