Την παραίτησή του υπέβαλε στον νέο υπουργό Ναυτιλίας, Γιάννη Πλακιωτάκη, ο γενικός γραμματέας του υπουργείου, Διονύσης Τεμπονέρας. Ο παρατηθείς γενικός γραμματέας θα παραμείνει στη θέση του μέχρι να ολοκληρωθεί η διαδικασία που προβλέπεται για την αντικατάστασή του.
Σε ανάρτησή του στο Facebook, ο κ. Τεμπονέρας αναφέρει τα εξής: «Δεκαέξι μήνες από την ημερομηνία ανάληψης καθηκόντων Γενικού Γραμματέα του Υπουργείου Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής, υπέβαλα την παραίτηση μου, στον νέο Υπουργό Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής, κ. Πλακιωτάκη. Την προηγούμενη περίοδο, σε συνεργασία με τους Υπουργούς και τους συναδέλφους μου Γενικούς Γραμματείς καταφέραμε – θέλω να πιστεύω – να δώσουμε το πολιτικό στίγμα της Αριστεράς, η οποία σε συνθήκες εξαιρετικά αντίξοες, πέτυχε να είναι τίμια, καθαρή και διαχειριστικά επαρκής. Προφανώς έγιναν κάποιες αστοχίες και παραλείψεις. Όποιος παράγει σοβαρό έργο άλλωστε, κάνει και λάθη.
Από την άλλη πλευρά, επιτύχαμε εξαιρετικά σημαντικούς στόχους: Το Μεταφορικό Ισοδύναμο, η προστασία της ναυτεργασίας (αυστηροποίηση πλαισίου για ανασφάλιστη εργασία και παραβιάσεις ωραρίων, συμμετοχή των συνδικαλιστικών ενώσεων σε ελέγχους επί των πλοίων,υπογραφή Σ.Σ.Ε. με σημαντικές αυξήσεις στις αποδοχές για το 2018 κ το 2019 κλπ), η εισαγωγή των στελεχών του Λιμενικού Σώματος μέσω Πανελλαδικών Εξετάσεων, η αναβάθμιση της ναυτικής εκπαίδευσης (νέοι πόροι, πρόσληψη μονίμου προσωπικού, κτιριακές υποδομές και υλικοτεχνικός εξοπλισμός), η νέα λιμενική πολιτική, η αναβάθμιση των επιχειρησιακών μέσων του ΛΣ-ΕΛ.ΑΚΤ, η επέκταση του ακτοπλοϊκού δικτύου και πολλά άλλα, έβαλαν τις σταθερές βάσεις, ώστε η ανάπτυξη της Ναυτιλίας και των συναφών δραστηριοτήτων να αποκτήσει νέες προοπτικές.
Στο επίκεντρο για εμάς ήταν πάντοτε ο άνθρωπος, όλοι οι εργαζόμενοι που αποτελούν την καρδιά της ελληνικής ναυτιλίας. Στα πλοία, στις ναυτικές ακαδημίες, στα λιμάνια, στα ναυπηγεία, στις ναυτιλιακές επιχειρήσεις αλλά και στο ίδιο το Υπουργείο. Θα είμαστε φυσικά παρόντες και την επόμενη μέρα, ώστε να διαφυλάξουμε όσα έγιναν τα τελευταία χρόνια, αλλά και να διεκδικήσουμε ακόμα περισσότερα. Θέλω να ευχαριστήσω, αρχικά τον π. Πρωθυπουργό κ. Αλέξη Τσίπρα για την εμπιστοσύνη του, όλα τα στελέχη του Υπουργείου, του Αρχηγείου του ΛΣ-ΕΛ.ΑΚΤ αλλά και τους εκπροσώπους όλων των φορέων για την εξαιρετική συνεργασία. Ειδικά, θα ήθελα να ευχαριστήσω τους συνεργάτες του Γραφείου μου για την βοήθεια τους, αφού χωρίς αυτούς τίποτα από τα παραπάνω δεν θα καθίστατο εφικτό. Εύχομαι, τέλος, στο νέο Υπουργό Υ.ΝΑ.Ν.Π. καλή δουλειά».
Επίσης, την παραίτησή του από τη θέση του Γενικού Γραμματέα Λιμένων, Λιμενικής Πολιτικής και Ναυτιλιακών Επενδύσεων, υπέβαλε στον Γιάννη Πλακιωτάκη και ο Χρήστος Λαμπρίδης.
Ο κ. Λαμπρίδης, που θα παραμείνει στη θέση του, μέχρι να ολοκληρωθεί η διαδικασία που προβλέπεται για την αντικατάστασή του, σε γραπτή δήλωσή του που αναδημοσιεύει το ΑΠΕ-ΜΠΕ αναφέρει τα εξής:
«Από τον Ιανουάριο του 2016 μέχρι και σήμερα που ανέλαβα την ευθύνη της θέσης του Γενικού Γραμματέα αλλά και νωρίτερα, από τον Ιανουάριο του 2015 από τη θέση του Διευθυντή του γραφείου του Υπουργού Ναυτιλίας κ. Δρίτσα, προσπάθησα να συμβάλλω στις απαιτήσεις μιας συλλογικής προσπάθειας προκειμένου να μπορέσει η κυβέρνηση του ΣΥΡΙΖΑ να βγάλει τη χώρα από την κρίση κρατώντας την κοινωνία όρθια. Να ανταποκριθεί στην εντολή του ελληνικού λαού να προχωρήσουμε όλοι μαζί σε μια επόμενη μέρα με κοινωνική δικαιοσύνη, ευημερία και χωρίς δουλείες που προκαλούσαν οι μνημονιακές δεσμεύσεις.
Στο πλαίσιο αυτών των γενικότερων στόχων προσπαθήσαμε να έχουμε θετικά αποτελέσματα και στο χώρο της ναυτιλίας. Σε αυτή την προσπάθεια είχαμε άξιους συμπαραστάτες το πολιτικό προσωπικό, την ηγεσία και τα στελέχη και του Λιμενικού Σώματος, τις διοικήσεις και τα στελέχη των φορέων διοίκησης λιμένων οι οποίοι έπραξαν με ευσυνειδησία το καθήκον τους και ανταποκρίθηκαν στις απαιτήσεις του σχεδιασμού που έθεσε η πολιτική ηγεσία υπερβαίνοντας σε πολλές περιπτώσεις τις τυπικές τους υποχρεώσεις σε ωράρια, πρόσθετη προσπάθεια κλπ. Πιστεύω ακράδαντα ότι πετύχαμε όλοι μαζί σημαντικά αποτελέσματα προς όφελος της κοινωνίας και γι΄αυτό τους ευχαριστώ θερμά.
Η συχνή επαφή και συνεργασία που επιδιώξαμε να έχουμε με τις διοικήσεις επαγγελματικών ενώσεων, συνδικαλιστικών φορέων, συλλογικές εκπροσωπήσεις του παραγωγικού κόσμου, αυτοδιοικητικούς φορείς, κινήσεις πολιτών κλπ μας έδινε κάθε στιγμή την πραγματική εικόνα των συνθηκών και των αναγκών, ενώ τις προτάσεις τους προσπαθήσαμε να μετουσιώσουμε σε εφαρμοσμένη πολιτική πάντοτε με κριτήριο την εξυπηρέτηση των κοινωνικών αναγκών. Η συνεισφορά τους σε αυτή την προσπάθεια ήταν πολύτιμη. Ιδιαίτερα θέλω να ευχαριστήσω το προσωπικό του γραφείου μου και τους συνεργάτες μου, οι οποίοι σε σταθερή βάση υπερέβαλαν εαυτούς προκειμένου να ανταποκριθούν όχι μόνο στις αυξημένες απαιτήσεις της θέσης τους αλλά και στις απαιτήσεις που δημιουργούσε η πιεστική καθημερινότητα.
Θέλω τέλος να ευχαριστήσω τον πρωθυπουργό Αλέξη Τσίπρα και τον Υπουργό Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής Θοδωρή Δρίτσα για την για την ανάθεση από μέρους τους των καθηκόντων του Γενικού Γραμματέα καθώς και τους Υπουργούς Παναγιώτη Κουρουμπλή, Φώτη Κουβέλη και τον Αναπληρωτή Υπουργό Νεκτάριο Σαντορινιό για την εμπιστοσύνη τους. Στο νέο Υπουργό Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής κ. Πλακιωτάκη εύχομαι καλή δύναμη και καλή δουλειά».