Με σχέδιο Προεδρικού Διατάγματος του Πρωθυπουργού Αντ. Σαμαρά επανέρχεται στις αρμοδιότητες του υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου το Λιμενικό Σώμα – Ελληνική Ακτοφυλακή, ενώ παράλληλα καθορίζονται οι υπηρεσίες οι οποίες θα υπαχθούν στο υπουργείο Ναυτιλίας το οποίο πρόσφατα ανασυστάθηκε με το Προεδρικό Διάταγμα 85/2012.
Συγκεκριμένα, σύμφωνα με το σχέδιο διατάγματος, το υπουργείο Ναυτιλίας και Αιγαίου συγκροτείται από:
α) τις υπηρεσίες που ανήκαν στο πρώην υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής και μεταφέρθηκαν στο πρώην υπουργείο Προστασίας του Πολίτη, συμπεριλαμβανομένων των υπηρεσιών «του Λιμενικού Σώματος – Ελληνικής Ακτοφυλακής», το οποίο συστήθηκε με το Ν. 1753/1919 και υπήχθη στο ανωτέρω υπουργείο (Ν. 3922/2011), καθώς και της Γενικής Γραμματείας Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας (π.δ. 96/2010 και 127/2010) με τις αρμοδιότητες, όργανα, θέσεις και προσωπικό τους και τους φορείς που επόπτευαν,
β) τις υπηρεσίες που ανήκαν στο πρώην υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής και μεταφέρθηκαν στο πρώην υπουργείο Ανάπτυξης, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας με τα π.δ. 185/2009, 189/2009, 50/2010, 127/2010 και 65/2011, με τις αρμοδιότητες, όργανα, θέσεις και προσωπικό τους και τους φορείς που επόπτευαν.
Ακόμη, όλες οι υπηρεσίες της Γενικής Γραμματείας Ναυτιλίας του πρώην υπουργείου Ανάπτυξης, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας, οι οποίες μεταφέρονται στο υπουργείο Ναυτιλίας και Αιγαίου αποτελούν τη Γενική Γραμματεία του ως άνω υπουργείου. Της υπηρεσίας αυτής προΐστανται προσωρινά ο γενικός γραμματέας Ναυτιλίας του πρώην υπουργείου Ανάπτυξης, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας, ως Γενικός Γραμματέας του υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου.
Σύμφωνα πάντα με το σχέδιο διατάγματος η Γενική Γραμματεία Ναυτιλίας του πρώην υπουργείου Ανάπτυξης, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας καταργείται.
Τέλος, «η Γενική Διεύθυνση Αλιείας και οι υπηρεσίες, όργανα και φορείς της, συμπεριλαμβανομένων και των ειδικών υπηρεσιών του άρθρου 3 του π.δ. 73/2011, με τις αρμοδιότητες, όργανα, θέσεις και προσωπικό τους και τους φορείς που εποπτεύουν, παραμένουν και λειτουργούν στο υπουργείο Ανάπτυξης, Ανταγωνιστικότητας, Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων».
