Έλλειμμα, το ποσό του οποίου δεν έχει προσδιορισθεί μέχρι στιγμής, διαπιστώθηκε σε τμήμα της Διεύθυνση Ναυτικής Εκπαίδευσης του υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου, που διαχειρίζεται το Κεφάλαιο Ναυτικής Εκπαίδευσης και από το οποίο καλύπτονται κατά 70% οι δαπάνες για τη λειτουργία των Ακαδημιών Εμπορικού Ναυτικού. Το Κεφάλαιο Ναυτικής Εκπαίδευσης είναι ένας ειδικός λογαριασμός στον οποίο συγκεντρώνονται οι εισφορές των πλοιοκτητών.
Μετά από εισαγγελική παραγγελία, το Τμήμα Εσωτερικών Υποθέσεων του Λιμενικού Σώματος Ελληνικής Ακτοφυλακής ανέλαβε τη διενέργεια προκαταρκτικής εξέτασης για τη διακρίβωση τέλεσης αξιόποινων πράξεων, μεταξύ άλλων και της υπεξαίρεσης χρηματικού ποσού την τελευταία δεκαπενταετία.
Σύμφωνα με πηγές από το υπουργείο Ναυτιλίας και Αιγαίου, μετά από δειγματοληπτικό έλεγχο, μόνο για το έτος 2012, διαπιστώθηκε έλλειμμα 25.000 ευρώ, ενώ, έχει τεθεί σε αργία ένας πολιτικός υπάλληλος, αλλά δεν αποκλείεται να εμπλέκονται και άλλα άτομα.
Πηγές από το Λιμενικό Σώμα ανέφεραν στο ΑΠΕ-ΜΠΕ, ότι το έλλειμμα διαπιστώθηκε καθώς από τον λογαριασμό του Κεφαλαίου Ναυτικής Εκπαίδευσης δεν αποδίδονταν οι εισφορές στο Μετοχικό Ταμείο Ναυτικών, στο Ταμείο Αλληλοβοήθειας Ναυτικών και στο ταμείο των Λιμενικών. Της υπόθεσης έχει επιληφθεί και η Επιτροπή Δημοσιονομικού Ελέγχου.
Το Τμήμα Εσωτερικών Υποθέσεων του Λιμενικού Σώματος είχε ανακαλύψει, πριν από επτά μήνες, υπόθεση παροχής συντάξεων και βοηθημάτων σε ναυτικούς και δικαιούχους του ΝΑΤ, αντίστοιχα, που δεν τα δικαιούντο και γίνονταν με τη χρήση πλαστών πιστοποιητικών.
