Την ακύρωση των αποφάσεων του τέως υπουργού Παιδείας Ν. Φίλη που αφορούν την αλλαγή στον χαρακτήρα και τον τρόπο διδασκαλίας του μαθήματος των θρησκευτικών ζητεί με προσφυγή της στο Συμβούλιο της Επικρατείας η Πανελλήνια Ένωση Θεολόγων.
Στην προσφυγή τους, την οποία συνυπογράφουν θεολόγοι από διάφορες περιοχές της χώρας και δέκα γονείς, υποστηρίζουν πως οι επίμαχες υπουργικές αποφάσεις είναι αντισυνταγματικές, αντίθετες στην Διεθνή Σύμβαση της Ρώμης, παράνομες και αντίθετες στη νομολογία του Συμβουλίου της Επικρατείας. Όπως επισημαίνουν πραγματοποιείται μια ριζική αλλαγή στο χαρακτήρα του μαθήματος των θρησκευτικών, αλλοιώνοντας «τον από ιδρύσεως του Ελληνικού κράτους μέχρι σήμερα ορθόδοξο χαρακτήρα του».
Συγκεκριμένα θεωρούν ότι με το νέο πρόγραμμα σπουδών το μάθημα μετατρέπεται σε «ιδιότυπη θρησκειολογία, στην οποία αναμειγνύονται η Ορθόδοξη Πίστη με τα υπόλοιπα δόγματα και θρησκεύματα, δημιουργώντας σύγχυση στους μαθητές». Όπως λένε γίνεται από ομολογιακό μάθημα, μάθημα γνώσεων των θρησκευτικών, ακυρώνοντας ουσιαστικά το αναμφισβήτητο δικαίωμα των γονέων και μαθητών για παροχή θρησκευτικής εκπαίδευσης σύμφωνα με τις δικές τους θρησκευτικές πεποιθήσεις. Επιπλέον , τονίζουν πως η συρρίκνωση του χρόνου διδασκαλίας περιθωριοποιεί και αποδυναμώνει πλήρως το δικαίωμα της θρησκευτικής εκπαίδευσης, κατά παράβαση των συνταγματικών διατάξεων. Μάλιστα, υπογραμμίζουν πως οι μαθητές στερούνται του συνταγματικού τους δικαιώματος να διδαχθούν αυτούσια την πίστη τους στο σχολείο.
Αντίθετα, όπως αναφέρουν, μέχρι σήμερα το διδασκόμενο μάθημα των θρησκευτικών, είχε χαρακτήρα ομολογιακό, ήτοι διδακτικό της θρησκείας των μαθητών, οι οποίοι είναι στην συντριπτικοί τους πλειοψηφία στην Ελλάδα βαπτισμένοι Ορθόδοξοι Χριστιανοί και επισημαίνουν πως παρεχόταν η δυνατότητα απαλλαγής από το μάθημα για τους μη Ο.Χ.
Παράλληλα, διδάσκεται εναλλακτικά «ομολογιακού περιεχομένου μάθημα» θρησκευτικών για τους Έλληνες Μουσουλμάνους, Εβραίους και Ρωμαιοκαθολικούς, δηλαδή οι μαθητές στην περίπτωση αυτή διδάσκονται την πίστη των γονέων τους.