Πλήθος μη κυβερνητικών οργανώσεων εμφανίζονται να έχουν λάβει πολύ μεγάλες χρηματοδοτήσεις από τα κονδύλια του υπουργείου Εξωτερικών. Σε ορισμένες περιπτώσεις πρόκειται για πολύ σημαντικά προγράμματα στο εξωτερικό- για παράδειγμα, το εκπαιδευτικό ίδρυμα που έστησε η Φιλεκπαιδευτική Εταιρεία στην Αλβανία – αλλά σε άλλες περιπτώσεις τα πράγματα δεν είναι τόσο προφανή…
Σύμφωνα με την εφημερίδα «ΤΑ ΝΕΑ», από τον έλεγχο εταιρείας ορκωτών λογιστών είχαν περάσει οι χρηματοδοτήσεις της περιόδου 2000-2010 από την ΥΔΑΣ. Η επιτροπή Θεσμών και Διαφάνειας στο δικό της πόρισμα που δημοσιοποιήθηκε τον Ιούλιο του 2012 διαπίστωνε: «Ενδεικτικό του ύψους των χρηματοδοτήσεων που έχουν κατά καιρούς διατεθεί, αποτελεί το γεγονός ότι με βάση τα καταγεγραμμένα και έως σήμερα απεσταλμένα στοιχεία των υπουργείων για τις επιχορηγούμενες ΜΚΟ, το ποσό που έχει διατεθεί ξεπερνά τα 100 εκατ. ευρώ. Ας σημειωθεί ότι το ποσό στην πραγματικότητα είναι πολύ μεγαλύτερο, αν αναλογιστεί κανείς ότι το υλικό που απεστάλη είναι εξαιρετικά ανομοιογενές».
Τα «ΝΕΑ» δημοσιεύουν τη λίστα με τις κυριότερες ΜΚΟ, που επιδοτήθηκαν τη συγκεκριμένη περίοδο: