Δειγματοληπτικούς ελέγχους στις εταιρείες που έχουν ελεγχθεί από νόμιμους ιδιώτες ελεγκτές και ελεγκτικά γραφεία στα πλαίσια του νόμου για τη χορήγηση του ειδικού φορολογικού πιστοποιητικού θα διενεργεί το υπουργείο Οικονομικών.
Η υπαγωγή των υποθέσεων στο δείγμα θα γίνει με βάση κατάταξη που θα προκύψει από μοριοδότηση μετά από εφαρμογή των προβλεπόμενων κριτηρίων.
Σύμφωνα με εγκύκλιο του υφυπουργού Οικονομικών κ. Γ. Μαυραγάνη οι έλεγχοι θα αφορούν στις επιχειρήσεις εκείνες των οποίων η διαχειριστική περίοδος έληξε από 1η Δεκεμβρίου 2011 έως και 31 Μαρτίου 2012 αλλά και σε εκείνες των οποίων ενώ η διαχειριστική περίοδος είχε λήξει έως και 30 Νοεμβρίου 2011, η υποβολή του ετήσιου πιστοποιητικού πραγματοποιήθηκε εκπρόθεσμα, με αποτέλεσμα να μην έχουν συμπεριληφθεί στη διαδικασία δειγματοληπτικού ελέγχου της τάξης του 9%.
Στη διαδικασία ένταξης στον δειγματοληπτικό έλεγχο πάντως δεν συμπεριλαμβάνονται οι υποθέσεις εκείνες για τις οποίες έχει εκδοθεί έκθεση φορολογικής συμμόρφωσης με αρνητικό συμπέρασμα ή με αδυναμία έκφρασης γνώμης, για τις οποίες ο προϊστάμενος της αρμόδιας ελεγκτικής υπηρεσίας εκδίδει άμεσα εντολή τακτικού ελέγχου.
Στις περιπτώσεις υποθέσεων για τις οποίες έχει υποβληθεί έκθεση φορολογικής συμμόρφωσης με θέματα έμφασης ή επιφύλαξης ή επιφύλαξης και έμφασης και εφόσον αυτές δεν έχουν συμπεριληφθεί στο δείγμα, ο προϊστάμενος της αρμόδιας ελεγκτικής υπηρεσίας διενεργεί υποχρεωτικά και κατά προτεραιότητα προσωρινό έλεγχο για την αξιολόγηση των θεμάτων που περιγράφονται στην έκθεση φορολογικής συμμόρφωσης.
Αν από τον συγκεκριμένο έλεγχο διαπιστωθούν στοιχεία ή ενδείξεις για σοβαρές παραβάσεις της φορολογικής νομοθεσίας, ο έφορος εισηγείται τη διενέργεια τακτικού φορολογικού ελέγχου.
