Στα νερά του Πηνειού καταλήγουν ανεπεξέργαστα αστικά λύματα, σκουπίδια, υπολείμματα λιπασμάτων, φυτοφαρμάκων, απόβλητα τυροκομείων, ελαιοτριβείων και βιοτεχνικών μονάδων με αποτέλεσμα να τίθενται σε μεγάλο κίνδυνο τα οικοσυστήματα της ευρύτερης περιοχής.
Σε ένα από τα πορίσματα της Μόνιμης Επιτροπής Περιβάλλοντος της Βουλής καταγράφεται ότι έχουν πραγματοποιηθεί από την Ειδική Υπηρεσία Επιθεωρητών Περιβάλλοντος 23 έλεγχοι, σε εγκαταστάσεις που λειτουργούν στις παραποτάμιες περιοχές των νομών Λάρισας και Τρικάλων. Για 17 από αυτές συντάχθηκαν πράξεις βεβαίωσης παράβασης, που διαβιβάστηκαν στους αρμόδιους εισαγγελείς, ενώ αντίστοιχες εισηγήσεις επιβολής προστίμων εστάλησαν προς τις αρμόδιες για την επιβολή τους αρχές.
Οι περισσότερες από τις παραβάσεις αφορούσαν στην έλλειψη αδειών διάθεσης των υγρών αποβλήτων και διαχείρισης των στερεών αποβλήτων.
Το συνολικό ύψος των εισηγηθέντων προστίμων, σύμφωνα με τους επιθεωρητές περιβάλλοντος, ανέρχεται σε 498.450 ευρώ, ενώ το συνολικό ύψος των επιβληθέντων προστίμων σε 366.600 ευρώ.
Ο πρόεδρος της επιτροπής περιβάλλοντος, Κ. Καρτάλης τόνισε ότι: «Η διαφορά οφείλεται στην υστέρηση από την πλευρά των αρμόδιων νομαρχιών στην επιβολή των εισηγηθέντων προστίμων».
Οι παράνομες αμμοληψίες είναι μια ακόμη αίτια για την περιβαλλοντική επιβάρυνση που προκαλείται στον ποταμό.
Σύμφωνα με το συντονιστή των Οικολόγων Πράσινων Λάρισας, Λ. Σιάκη, πρόκειται για μια δραστηριότητα «που αποφέρει μαύρο χρήμα σε αυτούς που την πραγματοποιούν. Δυστυχώς δεν υπάρχει κανένας έλεγχος και καμία κύρωση, ακόμη και όταν οι εργολάβοι πιάνονται επ’ αυτοφώρω. Οι περιπτώσεις αυτές αργούν πολύ να φτάσουν στις αίθουσες των δικαστηρίων και όταν τελεσιδικήσουν τα πρόστιμα είναι αστεία σε σύγκριση με τα κέρδη των εργολάβων. Από μία μόνο περιοχή αμμοληψίας μπορεί να κερδίσουν 2-3 εκατομμύρια ευρώ μέσα σε μία πενταετία».
