Οι αντικυβερνητικές διαδηλώσεις είναι πολύ πιθανόν να προκαλέσουν την διακοπή της στενής συνεργασίας των αμερικανικών και των αιγυπτιακών μυστικών υπηρεσιών σύμφωνα με ειδικούς και αξιωματούχους.
Οι αιγύπτιοι κατάσκοποι στήριζαν τους αμερικανούς ομολόγους τους στην καταδίωξη και τον εντοπισμό ισλαμιστών μαχητών και μελών της Αλ Κάιντα ακόμα και πριν τις επιθέσεις της 11ης Σεπτεμβρίου και σύμφωνα με τον Μάικλ Ντες, καθηγητή Πολιτικών Επιστημών στο πανεπιστήμιο Νοτρ Νταμ δεν υπάρχει καμιά αμφιβολία ότι διακυβεύονται πολλά την ώρα που το μέλλον του καθεστώτος Μουμπάρακ είναι αμφίβολο.
Η Ουάσινγκτον είχε πάρει το πράσινο φως από το Κάιρο για να χρησιμοποιεί τον εναέριο χώρο της Αιγύπτου και οι Αιγύπτιοι δεν έφεραν αντιρρήσεις όταν οι Αμερικανοί τους παρέδιδαν για ανάκριση ύποπτους τρομοκρατίας.
Όμως αυτή η στενή σχέση μπορεί να τελειώσει αν οι διαδηλωτές καταφέρουν να αναγκάσουν τον Μουμπάρακ να παραιτηθεί. Αν οι νέοι ηγέτες πρέπει να δικαιολογήσουν τις πράξεις τους ενώπιον του αιγυπτιακού λαού είναι πολύ πιθανόν να είναι λιγότερο πρόθυμοι να στηρίξουν τους Αμερικανούς.
Οι Αμερικανοί φοβούνται επίσης και την επανάληψη ενός τουρκικού σεναρίου, σύμφωνα με το οποίο η Αίγυπτος θα παραμείνει σύμμαχος των ΗΠΑ, αλλά δεν θα ακολουθεί τυφλά την Ουάσινγκτον, χωρίς να το εξετάζει διπλά.
Το 2003 η κυβέρνηση Μπους δέχτηκε πλήγμα όταν το τουρκικό κοινοβούλιο αρνήθηκε να επιτρέψει στον αμερικανικό στρατό να χρησιμοποιήσει το τουρκικό έδαφος για τις επιχειρήσεις στο βόρειο Ιράκ.
