Οδηγίες για την ομαλή και απρόσκοπτη εκτέλεση του προϋπολογισμού 2012 παρέσχε στις οικονομικές υπηρεσίες το υπουργείο Οικονομικών στα πλαίσια της ίδρυση και μετονομασίας υπουργείων, αλλά και της μεταφοράς και κατάργησης υπηρεσιών.
Σύμφωνα με τις σχετικές οδηγίες οι δαπάνες των υπουργείων με τη νέα δομή τους εξακολουθούν να βαρύνουν τις αντίστοιχες πιστώσεις που έχουν προβλεφθεί στον εγκεκριμένο από τη Βουλή προϋπολογισμό για τα υπουργεία, από τα οποία μεταφέρονται υπηρεσίες και αρμοδιότητες.
Ειδικότερα, διατάκτες των πιστώσεων στις περιπτώσεις ίδρυσης νέων υπουργείων ή και μεταφοράς υπηρεσιών σε άλλα υφιστάμενα, θα είναι κατά λόγο αρμοδιότητας οι νέοι αρμόδιοι υπουργοί ή τα νομίμως εξουσιοδοτημένα από αυτούς όργανα, όσον αφορά στις πιστώσεις που έχουν εγγραφεί για τη λειτουργία των αντίστοιχων υπηρεσιών εφ’ όσον οι σχετικές πιστώσεις του προϋπολογισμού εμφανίζονται σε ξεχωριστό ειδικό φορέα ή τομέα.
Τα χρηματικά εντάλματα για την πληρωμή των σχετικών δαπανών ή την εμφάνισή τους στη δημόσια ληψοδοσία, εκδίδονται από τις Υπηρεσίες Δημοσιονομικού Ελέγχου που είχαν τη σχετική αρμοδιότητα μέχρι σήμερα, καθόσον οι δαπάνες λειτουργίας των νέων υπηρεσιών βαρύνουν, όπως προαναφέρεται, τους προϋπολογισμούς που έχουν εγκριθεί για τα υφιστάμενα, μέχρι τις 21 Ιουνίου 2012, υπουργεία.
Στις περιπτώσεις επιχορηγούμενων φορέων που οι προβλεφθείσες σχετικές αρχικές πιστώσεις εμφανίζονται σε ειδικούς Κωδικούς Αριθμούς Εξόδων όπως π.χ. είναι οι πιστώσεις επιχορήγησης του ΕΦΕΤ θα πρέπει να υποβληθεί από την Οικονομική Υπηρεσία του φορέα στον οποίο είχαν αρχικά προβλεφθεί οι σχετικές πιστώσεις αίτημα μεταφοράς του υπολοίπου των πιστώσεων στο νέο φορέα που ασκεί πλέον τη σχετική αρμοδιότητα.
Στις περιπτώσεις που σε ένα τομέα ή ειδικό φορέα έχουν προβλεφθεί πιστώσεις για την κάλυψη δραστηριοτήτων που πλέον ανήκουν σε περισσότερα υπουργεία θα πρέπει μετά από συνεννόηση των αρμοδίων υπηρεσιών να υποβληθούν στην Διεύθυνση Προϋπολογισμού Γενικής Κυβέρνησης, από την Οικονομική Υπηρεσία του φορέα στον οποίο είχαν αρχικά προβλεφθεί οι πιστώσεις, συγκεκριμένες προτάσεις τροποποίησης του προϋπολογισμού.