«Η δικτατορία προχώρησε σε μια σειρά από απολύσεις μελών του διδακτικού προσωπικού που κρίθηκαν ως μη νομιμόφρονες. Το πρώτο κύμα απομακρύνσεων πραγματοποιήθηκε τον Ιανουάριο του 1968 όταν δέκα καθηγητές και υφηγητές του ΕΚΠΑ έχασαν τη θέση τους μαζί με ακόμα 46 συναδέλφους τους από τα άλλα πανεπιστημιακά ιδρύματα της χώρας. Τα επόμενα χρόνια πανεπιστημιακοί καθηγητές υπέστησαν τις διώξεις του καθεστώτος με βάση την αντιδικτατορική τους δράση» λέει στο ΑΠΕ-ΜΠΕ ο πρόεδρος του Ιστορικού Αρχείου ΕΚΠΑ, ιστορικός, Βαγγέλης Καραμανωλάκης.
Με αφορμή τη συμπλήρωση 56 χρόνων από την επιβολή του πραξικοπήματος της 21ης Απριλίου 1967, το Αθηναϊκό- Μακεδονικό Πρακτορείο Ειδήσεων φέρνει στο φως σελίδες από τις μαύρες μέρες της Χούντας και τις διώξεις αντιστασιακών πανεπιστημιακών. Μία από τις ιδιαίτερες περιπτώσεις ήταν η απόλυση του Γιάγκου Πεσμαζόγλου από το Πανεπιστήμιο Αθηνών. Μετά την επιβολή του πραξικοπήματος, ο Γιάγκος Πεσμαζόγλου παραιτήθηκε από τη θέση του υποδιευθυντή της Εθνικής Τράπεζας σε ένδειξη διαμαρτυρίας για το καθεστώς. Συνέχισε όμως να διδάσκει επί τριετία ως έκτακτος καθηγητής στη Νομική Σχολή. Το διεθνές κύρος του οικονομολόγου και οι τοποθετήσεις του τον είχαν μετατρέψει σε ιδιαίτερα ενοχλητικό αντίπαλο του καθεστώτος όπως θα φαίνεται και στα τεκμήρια της απόλυσης του που προέρχονται από το Ιστορικό Αρχείο του Πανεπιστημίου Αθηνών.
«Το γεγονός ότι όχι μόνον οι τοποθετήσεις του Γιάγκου Πεσμαζόγλου ήταν δημόσιες αλλά έθιγαν με στοιχεία την οικονομική πολιτική της Δικτατορίας που συνιστούσε κεντρικό άξονα της προπαγάνδας της, τον μετέτρεπαν σε ιδιαίτερα ενοχλητικό αντίπαλο. Επιπλέον, ένα δεύτερο πρόβλημα ήταν σίγουρα το γεγονός ότι οι θέσεις του Πεσμαζόγλου για την ανελευθερία εντός των ΑΕΙ δημοσιεύονταν σε εφημερίδες του εξωτερικού», προσθέτει στο ΑΠΕ-ΜΠΕ ο κ. Καραμανωλάκης.
Ο Γιάγκος Πεσμαζόγλου στις 15 Ιουλίου 1968 τέθηκε από το υπουργείο Παιδείας σε καθεστώς εξάμηνης διαθεσιμότητας, λόγω της παρουσίας του στο Βέλγιο λίγους μήνες νωρίτερα. Εκεί, σε εκδήλωση του Πανεπιστημίου των Βρυξελλών για θέματα Ευρωπαϊκής Οικονομικής Ανάπτυξης, είχε μιλήσει εναντίον της Χούντας προξενώντας το ενδιαφέρον των ξένων μέσων ενημέρωσης.
Η διαθεσιμότητα του παρατάθηκε για ακόμη έξι μήνες στις 17 Ιανουαρίου 1969.
Επανήλθε στα καθηγητικά του καθήκοντα το φθινόπωρο του ίδιου έτους. Στις 20-08-1969 και 5-11-1969, έδωσε δύο συνεντεύξεις στη DEUTSE WELLE όπου ασκούσε εκ νέου σκληρή κριτική στην εκπαιδευτική και οικονομική πολιτική της Χούντας. Στις 30 Οκτωβρίου, μίλησε στο αμφιθέατρο για τους λόγους της διαθεσιμότητας του και η ομιλία του απέκτησε πολιτική χροιά, ενώ προκάλεσε «θόρυβο στις στήλες του Τύπου» όπως σημείωνε ο δικτάτορας Γεώργιος Παπαδόπουλος. «Φαίνεται ότι σχεδόν το σύνολο του Τύπου ασχολήθηκε με το θέμα. Πάντως ο Πεσμαζόγλου μήνυσε και πήγε σε δίκη την Εστία επειδή αναπαρήγαγε λόγια, τα οποία ο ίδιος ισχυριζόταν ότι δεν είπε ποτέ» προσθέτει ο Βαγγέλης Καραμανωλάκης.
Στην επιστολή που έστειλε στον Πρύτανη τον Ιανουάριο του 1970 ο δικτάτορας πρωθυπουργός και υπουργός Παιδείας ζητούσε από το Πειθαρχικό Συμβούλιο του ιδρύματος την καταδίκη του Πεσμαζόγλου, αναφέροντας και τους λόγους που οδήγησαν στην διαθεσιμότητά του. Στις 28 Ιανουαρίου δημοσιεύτηκε στην εφημερίδα Chicago news νέα συνέντευξη του Γιάγκου Πεσμαζόγλου όπου κατέκρινε το κλίμα εκφοβισμού στα Πανεπιστήμια.
Ο Πεσμαζόγλου πέρασε από πειθαρχικό έξι μήνες αργότερα, την 1η Ιουνίου. Στο Πειθαρχικό, έστειλε αναλυτικό υπόμνημα όπου εξηγούσε τους λόγους για τους οποίους καταφερόταν εναντίον της κυβερνητικής πολιτικής. Στην απολογία του, ο Πεσμαζόγλου ισχυρίστηκε ότι δεν μίλησε ευθέως κατά της Χούντας αλλά ότι εξέφρασε την επιστημονική άποψη ότι βασικός όρος για να αναπτυχθεί μία οικονομία ήταν η ύπαρξη δημοκρατικών θεσμών.
Το Πειθαρχικό με τη σειρά του, δήλωσε αναρμόδιο διότι, όπως ανέφερε στην απόφαση του, ο Πεσμαζόγλου δεν ήταν τακτικός καθηγητής αλλά έκτακτος με τριετή θητεία η οποία είχε λήξει το 1970. Συνεπώς, ως μη μέλος του Πανεπιστημίου, δεν γινόταν να του επιβληθούν κυρώσεις. Η θητεία του δεν ανανεώθηκε και έτσι τέθηκε εκτός ΕΚΠΑ.
Το 1972 ο Γιάγκος Πεσμαζόγλου συνελήφθη και εκτοπίστηκε από το δικτατορικό καθεστώς.