Τα ξημερώματα της 9ης Ιουλίου 1956 ισχυρός σεισμός 7,5 Ρίχτερ χτυπάει τις Κυκλάδες, με επίκεντρο τη θαλάσσια περιοχή νότια της Αμοργού, πιάνοντας τους κατοίκους κυριολεκτικά στον ύπνο, αφού έγινε στις 5:11 το πρωί.
Το μεσημέρι της προηγούμενης μέρας ο εγκέλαδος είχε προειδοποιήσει με σεισμική δόνηση 4,9 Ρίχτερ από τον ίδιο εστιακό χώρο, όμως οι κάτοικοι του νησιού δεν είχαν θορυβηθεί.
Τα 7,5 Ρίχτερ έπληξαν κυρίως τη Σαντορίνη, όπου καταμετρήθηκαν 53 νεκροί και πολλές ζημιές. Το 35% των σπιτιών κατέρρευσαν και το 45% παρουσίασαν μεγάλες ή μικρές ζημιές. Ολοσχερώς καταστράφηκαν σχεδόν όλα τα δημόσια κτίρια.
Εκτός από τη Σαντορίνη, σοβαρές βλάβες υπέστησαν τα νησιά Αμοργός, Ανάφη, Αστυπάλαια, Ίος, Πάρος, Νάξος, Κάλυμνος, Λέρος, Πάτμος και Λειψοί. Συνολικά, καταστράφηκαν 529 σπίτια, 1.482 έπαθαν σοβαρές βλάβες και 1.750 ελαφρές. Οι τραυματίες ξεπέρασαν τους 100.
Όπως έγραψαν χαρακτηριστικά οι εφημερίδες της εποχής η σεισμική δόνηση ισοδυναμούσε με την έκρηξη 10.000 ατομικών βομβών, κάνοντας λόγο για τον μεγαλύτερο σε μέγεθος σεισμό στον ευρωπαϊκό χώρο τον 20ο αιώνα.
Ο κύριος σεισμός συνοδεύτηκε από τσουνάμι, το ύψους του οποίου έφθασε τα 25 μέτρα στη νοτιοανατολική ακτή της Αμοργού, τα 20 μ. στη βορειοδυτική ακτή της Αστυπάλαιας, τα 10 μ. στη Φολέγανδρο και ήταν ασθενέστερο σε διάφορες άλλες ακτές του Νοτίου Αιγαίου μέχρι τη Σμύρνη.
Από το τσουνάμι μία γυναίκα έχασε τη ζωή της στην Κάλυμνο, σύμφωνα με τα δημοσιεύματα της εποχής. Το τσουνάμι εξασθενημένο έφθασε μέχρι την Καλαμάτα και κατέστρεψε πολλές μικρές βάρκες που βρίσκονταν στο λιμάνι σύμφωνα με το sansimera.gr
Ο σεισμός έβαλε σε δοκιμασία τον κρατικό μηχανισμό, που δεν είχε συνέλθει ακόμη από τους μεγάλους σεισμούς του 1953 στη Ζάκυνθο, την Κεφαλλονιά και την Ιθάκη.
Ο πρωθυπουργός Κωνσταντίνος Καραμανλής κήρυξε τη Σαντορίνη σε κατάσταση «τοπικής συμφοράς μεγάλης εκτάσεως» και επισκέφθηκε ο ίδιος την πληγείσα περιοχή στις 14 Ιουλίου.
Πολλές χώρες προσφέρθηκαν να στείλουν βοήθεια για την ανακούφιση των σεισμοπλήκτων. Η μόνη χώρα της οποίας τη βοήθεια αρνήθηκε η Ελλάδα ήταν η Μεγάλη Βρετανία, ίσως λόγω του Κυπριακού, που τότε βρισκόταν σε έξαρση με την εξέγερση της ΕΟΚΑ.
Μία από τις πιο σημαντικές παρενέργειες του μεγάλου σεισμού ήταν η μεγάλη εσωτερική μετανάστευση του πληθυσμού της Σαντορίνης, κυρίως προς την Αθήνα.