Μεθοδικούς ελέγχους στις λειτουργίες, διαδικασίες και δραστηριότητες των υπηρεσιών του υπουργείου Οικονομικών, θα διεξάγει η Διεύθυνση Εποπτείας Εσωτερικών Ελέγχων του ΥΠΟΙΚ.
Εγχειρίδιο διενέργειας εσωτερικών ελέγχων που εξέδωσε η Υπηρεσία Εσωτερικών Ελέγχων μετά από εντολή του υπουργείου Οικονομικών κ. Γ. Στουρνάρα προβλέπει τη συνεχή παρακολούθηση, εξέταση και αξιολόγηση της καταλληλότητας, επάρκειας, αποτελεσματικότητας, ποιότητας και εξέλιξης των εσωτερικών συστημάτων ελέγχου που εφαρμόζονται στο υπουργείο.
Ακόμη προβλέπει τη διενέργεια ειδικών εσωτερικών ελέγχων στους τομείς δραστηριότητας, λειτουργιών και διαδικασιών, που υπάρχουν ενδείξεις ή αποδεικτικά στοιχεία αδυναμιών των εσωτερικών συστημάτων ελέγχου που εφαρμόζονται από τις υπηρεσίες ή περιθώρια κινδύνου κατάχρησης της ορθής διαχείρισης και αποτελεσματικής αξιοποίησης των διαθεσίμων πόρων ή παραβίασης των αρχών της χρηστής διοίκησης.
Το εγχειρίδιο διενέργειας εσωτερικών ελέγχων επιβάλλει επίσης τη σύνταξη και υποβολή στη Διεύθυνση Εσωτερικού Ελέγχου, σχετικών εκθέσεων για τα παραπάνω θέματα, με τα πορίσματα και τα αποτελέσματα του ελέγχου (για τις τυχόν υφιστάμενες αδυναμίες των λειτουργιών, διαδικασιών και δραστηριοτήτων, τις αιτίες και τις συνέπειες των αδυναμιών αυτών κ.λ.π.), καθώς και τις προτεινόμενες ενέργειες για τη βελτίωση των υφιστάμενων λειτουργιών, διαδικασιών και δραστηριοτήτων.
