Το ΑΠΘ είναι το πρώτο πανεπιστήμιο που έχει ενταχθεί σε πρόγραμμα της Ε.Ε. για τη δημιουργία «πράσινων» στεγών και την ενεργειακή απόδοση των δημόσιων κτιρίων. Εντός του έτους θα ξεκινήσει σε πρώτη φάση ο σχεδιασμός για τις «πράσινες στέγες», σ’ όλα τα κτίρια του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου, ενώ σε δεύτερη φάση θα δημιουργηθούν γύρω από τα κτίρια «πράσινοι» δρόμοι και παρτέρια.
Όταν ολοκληρωθεί ο σχεδιασμός, όλες οι ταράτσες των κτιρίων του πανεπιστημίου θα έχουν μετατραπεί σε χώρους πρασίνου και βλάστησης, προσφέροντας με τον τρόπο αυτό μία ανάσα δροσιάς και οξυγόνου στο κέντρο της πόλης.
Οι πράσινες στέγες αποτελούν ουσιαστικά χώρους καλυμμένους με χώμα και φυτεμένους με βλάστηση που αναπτύσσεται σε ελεγχόμενες συνθήκες, αλλά συμπεριφέρεται σαν οποιαδήποτε άλλη βλάστηση στο έδαφος. Πέρα, δε, από τα περιβαλλοντικά οφέλη, μία «πράσινη στέγη» προσφέρει και οικονομικά, εξαιτίας της ενεργειακής απόδοσης του κτιρίου.
Σύμφωνα με τον πρύτανη, Γιάννη Μυλόπουλο, επόμενος οικολογικός στόχος για το πανεπιστήμιο είναι η ενεργειακή του ανεξαρτησία, με τη χρήση των ανανεώσιμων πηγών ενέργειας, που αναμένεται να εξοικονομήσει χρήματα στο πανεπιστήμιο. Στην κατεύθυνση αυτή προβλέπεται αρχικά η τοποθέτηση φωτοβολταϊκών συστημάτων στα πάρκα και τα αγροκτήματα του πανεπιστημίου.
Το ΑΠΘ, σχεδιάζει εξάλλου, τον επανασχεδιασμό για την ενεργειακή αξιοποίηση και ενίσχυση των κτιρίων (θερμομόνωση), την ολοκληρωμένη διαχείριση απορριμμάτων (κυρίως σε σχολές όπως η Ιατρική και το Χημικό), την πώληση βιολογικών και υγιεινών προϊόντων στα κυλικεία και την ήπια αγροτουριστική αξιοποίηση των αγροκτημάτων και των δασών του (Περτούλι, Χολομόντας κ.α.).