Βορειοανατολικά του χωριού Μίλατος στο νομό Λασιθίου σε υψόμετρο 70 μ., σε μία απότομη χαράδρα βρίσκεται το ομώνυμο σπήλαιο, γνωστό και ως σπήλαιο του Ραπά. Αποτελείται από αίθουσες διαφορετικών επιπέδων και προσανατολισμού, με παρουσία λιθωματικού διακόσμου. Μάλιστα, στο εσωτερικό του έχουν ανακαλυφθεί ευρήματα από τη Νεολιθική περίοδο, αλλά κυρίως, από τη Μινωική εποχή.
Ωστόσο, η τραγωδία που εκτυλίχθηκε τα χρόνια της Τουρκοκρατίας μέσα στο σπήλαιο και το έκανε ευρέως γνωστό, προσελκύει καθημερινά το ενδιαφέρον των επισκεπτών. Ήταν χειμώνας του 1823, όταν ο Χασάν Πασάς επέδραμε στην περιοχή του Μιραμπέλλου.
Οι κάτοικοι θέλοντας να αποφύγουν την καταστροφική μανία του Πασά, κατέφυγαν στις σπηλιές. Όσοι ζούσαν στις γύρω περιοχές, βρήκαν καταφύγιο στο σπήλαιο της Μιλάτου. Όταν, ο Πασάς πληροφορήθηκε ότι είχαν οχυρωθεί εκεί, έστειλε μεγάλη δύναμη ανδρών του για να το καταλάβουν.
Όμως, οι 150 Έλληνες οπλαρχηγοί πάλεψαν γενναία, κρατώντας μακριά το στρατό του Πασά, που υπέστη μεγάλες ζημιές. Η πολιορκία του Σπηλαίου ξεκίνησε στις 3 Φεβρουαρίου, το 1823 και διήρκησε πολλές ημέρες.
Λέγεται, μάλιστα, πως στη διάρκεια της γεννήθηκαν μέσα στο σπήλαιο 40 παιδιά. Στις 15 Φεβρουαρίου, οι Τούρκοι έβαλαν φωτιά στην είσοδο, με αποτέλεσμα το σπήλαιο να γεμίσει με καπνούς. Οι πολιορκημένοι Κρήτες αναγκάστηκαν να βγουν έξω και σφαγιάστηκαν από τον εχθρό. Αν και ο αριθμός των ανθρώπων που κατέφυγαν στο σπήλαιο, δεν είναι ιστορικά εξακριβωμένος, υπολογίζεται ότι ήταν περισσότεροι από 1000, κυρίως γυναικόπαιδα.
Σε ανάμνηση της σφαγής τοποθετήθηκε εγχάρακτη επιγραφή στην είσοδο του σπηλαίου. Στο εσωτερικό του χτίστηκε εκκλησάκι και οστεοφυλάκιο. Το Σπήλαιο της Μιλάτου είναι ανοικτό για τους επισκέπτες, ενώ όσοι το επισκεφτείτε, καλό είναι να έχετε μαζί σας κι έναν φακό.