Δεν έχουν τέλος οι καταγγελίες για την Κιβωτό του Κόσμου και όσα φέρεται να συνέβαιναν μέσα στις δομές της. Σύμφωνα με πληροφορίες του Mega, φαίνεται να έχουν προκύψει ενδείξεις ότι τρεις τρόφιμοι των δομών της Κιβωτού έχουν υποστεί σεξουαλική κακοποίηση, ανάμεσα σε αυτούς τους τρόφιμους μάλλον είναι κι ένα ανήλικο παιδί.
Οι ενδείξεις αυτές, κι όχι οι αποδείξεις ακόμα όπως σημειώθηκε στο ρεπορτάζ, βασίζονται στις καταθέσεις που έχουν δώσει τα τελευταία πέντε άτομα.
Κιβωτός του Κόσμου: Έρευνα της οικονομικής αστυνομίας και στη Χίο
Μετά τα κεντρικά της Κιβωτού του Κόσμου στον Κολωνό, έλεγχος της οικονομικής αστυνομίας γίνεται και στη δομή της ΜΚΟ στη Χίο.
Ωστόσο, το νησί της Χίου σχεδόν στο σύνολό του βρίσκεται στο πλευρό του πατέρα Αντώνιου, καθώς το νησί είναι η γενέτειρά του και το πατρικό του σπίτι είναι στο κάστρο της πόλης.
Ενδιαφέρον έχει μία επιστολή εργαζόμενης της δομής στην Χίο. Η υπάλληλος αυτή έχει σπουδάσει και έχει μεταπτυχιακό τίτλο στις παιδαγωγικές επιστήμες και σύμφωνα με την επιστολή της υποστηρίζει ότι εκπαιδεύτηκε για να μπει στη δομή της Χίου.