Μπροστά σε μια συμφωνία με κέρδη και ζημιές στις επιδιώξεις και για τις δύο πλευρές έφτασαν η Εκκλησία της Ελλάδας και η Κυβέρνηση, ενώ οι παπάδες αντιδρούν. Οι βασικές αλλαγές αφορούν τη μισθοδοσία των κληρικών την οποία θα εγγυάται το κράτος, ενώ ταυτόχρονα το δημόσιο αποκτά ένα σημαντικό έσοδο από την αξιοποίηση της εκκλησιαστικής περιουσίας. Πλέον οι παπάδες δεν θα θεωρούνται δημόσιοι υπάλληλοι, το δημόσιο όμως θα πληρώνει περίπου 200 εκατ. ευρώ το χρόνο. Ταυτόχρονα αν αυξηθεί ο αριθμός των παπάδων το δημόσιο δεν θα πληρώνει περισσότερα, ενώ το κρατικό ταμείο αποκτά ένα νέο έσοδο, που είναι το 50% των χρημάτων από την αξιοποίηση της περιουσίας της Εκκλησίας. Η συμφωνία του Αλέξη Τσίπρα με τον Αρχιεπίσκοπο Ιερώνυμο που ξεσήκωσε αντιδράσεις αναφέρει ότι το Ελληνικό Δημόσιο και η Εκκλησία αναγνωρίζουν ότι οι κληρικοί δεν θα νοούνται στο εξής ως δημόσιοι υπάλληλοι και ως εκ τούτου διαγράφονται από την Ενιαία Αρχή Πληρωμών. Το Ελληνικό Δημόσιο δεσμεύεται ότι θα καταβάλλει ετησίως στην Εκκλησία με μορφή επιδότησης ποσό αντίστοιχο με το σημερινό κόστος μισθοδοσίας των εν ενεργεία ιερέων, το οποίο θα αναπροσαρμόζεται ανάλογα με τις μισθολογικές μεταβολές του Ελληνικού Δημοσίου. Το ποσό υπολογίζεται σε 198 εκατ. ευρώ. Η Εκκλησία αναγνωρίζει ότι μετά τη Συμφωνία αυτή παραιτείται έναντι κάθε άλλης αξίωσης για την εν λόγω εκκλησιαστική περιουσία. Η ετήσια επιδότηση θα καταβάλλεται σε ειδικό ταμείο της Εκκλησίας και προορίζεται αποκλειστικά για τη μισθοδοσία των κληρικών, με αποκλειστική ευθύνη της Εκκλησίας της Ελλάδος και σχετική εποπτεία των αρμόδιων ελεγκτικών κρατικών αρχών. Με τη Συμφωνία διασφαλίζεται ο σημερινός αριθμός των οργανικών θέσεων κληρικών της Εκκλησίας της Ελλάδος, καθώς και ο σημερινός αριθμός των λαϊκών υπαλλήλων της Εκκλησίας της Ελλάδος. Πιθανή επιλογή της Εκκλησίας της Ελλάδος για αύξηση του αριθμού των κληρικών δεν δημιουργεί απαίτηση αύξησης του ποσού της ετήσιας επιδότησης. Σημείο κλειδί είναι η δημιουργία Ταμείου Αξιοποίησης Εκκλησιαστικής Περιουσίας. Το Ταμείο Αξιοποίησης Εκκλησιαστικής Περιουσίας θα αναλάβει τη διαχείριση και αξιοποίηση των από το 1952 και μέχρι σήμερα ήδη αμφισβητούμενων μεταξύ Ελληνικού Δημοσίου και Εκκλησίας της Ελλάδος περιουσιών, αλλά και κάθε περιουσιακού στοιχείου της Εκκλησίας που εθελοντικά η ίδια θα θελήσει να παραχωρήσει στο εν λόγω Ταμείο προς αξιοποίηση. Τα έσοδα και οι υποχρεώσεις του ΤΑΕΠ επιμερίζονται 50-50 στο Ελληνικό Δημόσιο και την Εκκλησία της Ελλάδος. Τα ανάλογα ισχύουν και για τις περιουσίες των επιμέρους Μητροπόλεων, ήτοι των αμφισβητούμενων περιουσιών, αλλά και όσων οι Μητροπόλεις εθελοντικά παραχωρήσουν στο ΤΑΕΠ. Οπως είπε στη συνέχεια ο πρωθυπουργός η διακηρυκτική αρχή της θρησκευτικής ουδετερότητας του ελληνικού κράτους διασφαλίζει αφενός μεν τους διακριτούς ρόλους μεταξύ Πολιτείας και Εκκλησίας, αφετέρου, δε, εγγυάται τη μεταξύ τους συνεργασία στα θέματα κοινού ενδιαφέροντος. «Και προφανώς, αυτή η αρχή δεν έρχεται σε καμία αντίθεση με τις μακραίωνες παραδόσεις του λαού μας και ούτε βέβαια έχουν και καμία βάση όσα αστεία, κωμικοτραγικά θα έλεγα, έχουν ορισμένοι ψευδώς και σκοπίμως διαδώσει τις τελευταίες ημέρες περί επικείμενης δήθεν αποκαθήλωσης των ιστορικών συμβόλων, του Σταυρού από την ελληνική σημαία και από τα εθνικά μας σύμβολα». Παίρνοντας το λόγο ο Ιερώνυμος είπε ένα «βαθύτατο ευχαριστώ» προς τον πρωθυπουργό. «Ο κόσμος λέει ότι οι θησαυροί της Εκκλησίας είναι αμύθητη. Αν πάρουμε την κάθε περιουσία ξεχωριστά θα μπορούσαμε να φτιάξουμε αυτό τον μύθο. Αν δούμε προσεκτικά θα διαπιστώσουμε ότι έχει πολλά βαρίδια και δυσκολίες. Προσπάθησα αυτόν τον θησαυρό να δούμε πως θα μπορέσουμε να τον κάνουμε από υλικό αντικείμενο πνευματικό όχι για εμάς αλλά για τον λαό και τα προβλήματά του. Ευχαριστώ γιατί βρήκα ανταπόκριση στα προβλήματα και τρία χρόνια συναντώμεθα και μελετούσαμε τα προβλήματα της Εκκλησίας». Ο Ιερώνυμος είπε ότι η Ιεραρχία θα εξετάσει το θέμα και θα πάρει τις αποφάσεις. Εκτίμησε ωστόσο ότι θα το αποδεχτεί. Πρέπει να προχωρήσουμε σε πνεύμα αυτοτέλειας και συνεργασίας. Σε ότι αφορά τις συνταγματικές αλλαγές ο Αρχιεπίσκοπος ευχαρίστησε για την πρωτοβουλία να παραμείνει το προοίμιο του συντάγματος «όπως το έφτιαξαν οι πατέρες μας». Σημείωσε ότι με τον καιρό θα δούμε τα υπόλοιπα σημεία που μας απασχολούν. Ως προς τις μικρότητες ότι θα κατεβάσετε τα σύμβολα δήλωσε ότι «από πόλεμους τέτοιου είδους ξέρουμε όλοι μας».
Η έντονη αντίδρασή για τη συμφωνία μεταξύ Αλέξη Τσίπρα και Αρχιεπισκόπου Ιερώνυμου
Την έντονη αντίδρασή του για τη συμφωνία μεταξύ Αλέξη Τσίπρα και Αρχιεπισκόπου Ιερώνυμου αναφορικά με τις σχέσεις Κράτους-Εκκλησίας εκφράζει με ανακοίνωσή του ο Ιερός Σύνδεσμος Κληρικών Ελλάδος, καλώντας τους μητροπολίτες να ακυρώσουν τη συμφωνία. Οι κληρικοί δηλώνουν προδομένοι από όσους συμμετείχαν στις διαβουλεύσεις για την λήψη των αποφάσεων, διαμηνύουν ότι θα πράξουν τα δέοντα για να ακυρωθεί η «επαίσχυντη» συμφωνία προβαίνοντας σε όλες τις νόμιμες διαδικασίες, ενώ προαναγγέλλουν πως οι αντιδράσεις τους θα είναι μαζικές και πρωτόγνωρες στην ελληνική ιστορία. Στην ανακοίνωση σημειώνεται ότι: «Ο ΙΕΡΟΣ ΣΥΝΔΕΣΜΟΣ ΚΛΗΡΙΚΩΝ ΕΛΛΑΔΟΣ θα δώσει αγώνες για να παραμείνει ως συμβατική υποχρέωση του κράτους η μισθοδοσία του Ιερού Κλήρου, ως έχει, ως αντάλλαγμα για τα όσα έχει προσφέρει η Εκκλησία προς την πολιτεία. Οι αντιδράσεις μας πρόκειται να είναι μαζικές και πρωτόγνωρες στην ελληνική ιστορία. Ο απλός παπάς από την Κρήτη μέχρι τον Έβρο, από τα Επτάνησα μέχρι και τα Δωδεκάνησα θα ξεσηκωθεί και θα ταυτισθεί μαζί μας σε αγώνες όχι μόνο για τα εφημεριακά δίκαια αλλά και για την διατήρηση της Ελληνορθοδόξου παραδόσεως μας. Άλλωστε, αυτός είναι που βάσταξε και βαστά μαζί με τους λαϊκούς αδελφούς μας, το βάρος της κρίσης και συνεχίζει την ολοπρόθυμη προσφορά του και τον συντονισμό πλήθους εθελοντικών δράσεων. Σε κάθε δύσκολη εποχή της Ελληνικής ιστορίας όποιος τα έβαλε με την Εκκλησία ηττήθηκε κατά κράτος. Αυτοί που δεν μας ήθελαν συνομιλητές στις δόλιες διαπραγματεύσεις τους τώρα θα μας βρουν μπροστά τους».