Ήταν 14 Σεπτεμβρίου 1999 όταν κόπηκε το νήμα της ζωής του αναπληρωτή υπουργού Εξωτερικών Γιάννου Κρανιδιώτη. Ο Κρανιδιώτης βρισκόταν στο υπηρεσιακό αεροσκάφος τύπου Falcon προς το Βουκουρέστι, όπου θα εκπροσωπούσε την Ελλάδα σε Διαβαλκανική Διάσκεψη των υπουργών Εξωτερικών.
Λίγο πριν τη προσγείωση το αεροσκάφος έπεσε σε σφοδρές αναταράξεις, έχασε ύψος απότομα από τα 25.000 πόδια στα 5.000 και από τους κραδασμούς πέθαναν οι 6 από τους 13 συνολικά επιβάτες που δεν φορούσαν ζώνη ασφαλείας: ο Γιάννος Κρανιδιώτης, ο γιος του, Νικόλας, οι δημοσιογράφοι Δημήτρης Πανταζόπουλος (της ΕΡΤ) και Νίνα Ασημακοπούλου (της ΕΡΑ), ο εικονολήπτης της ΕΡΤ Παναγιώτης Πούλος, ο συνοδός της φρουράς του, αστυνόμος Νίκος Ασημακόπουλος και ο μηχανικός του αεροσκάφους Μιχάλης Παπαδόπουλος.
Σήμερα το υπουργείο Εξωτερικών τονίζει την καθοριστική συμβολή του στην ένταξη της Κυπριακής Δημοκρατίας στην Ευρωπαϊκή Ένωση, επισημαίνοντας ότι σε όλη τη διάρκεια της διπλωματικής και πολιτικής του διαδρομής, υπηρέτησε με αυταπάρνηση και με συνέπεια τα συμφέροντα του Ελληνισμού.
«Καθώς συνεχίζονται οι διαπραγματεύσεις για μια δίκαιη και βιώσιμη λύση του Κυπριακού προβλήματος τιμούμε για μία ακόμη φορά τη μνήμη και τη διπλωματική παρακαταθήκη του Γιάννου Κρανιδιώτη και συνεχίζουμε τις προσπάθειες για την υλοποίηση του οράματός του για επανένωση της Μεγαλονήσου και για την απομάκρυνση των τουρκικών στρατευμάτων. Η λύση του Κυπριακού δεν μπορεί, πλέον, παρά να λαμβάνει υπόψη της τα δεδομένα που έχουν δημιουργηθεί από τη συμμετοχή της Κύπρου στην Ευρωπαϊκή Ένωση, για την οποία ο Γιάννος Κρανιδιώτης εργάστηκε άοκνα και αποτελεσματικά» λέει το υπουργείο στην ανακοίνωσή του.
