Στην κατάθεσή του, που βρίσκεται στη διάθεση της Προανακριτικής Επιτροπής για την υπόθεση του Βατοπεδίου, ο Γιάννης Αγγέλου παραδέχεται, σύμφωνα με πληροφορίες, ότι επισκεπτόταν τη Μονή Βατοπεδίου και δεχόταν επισκέψεις από τους μοναχούς στο γραφείο του, αλλά δε γνώριζε για τις διεκδικήσεις της Μονής από το Δημόσιο.
Στο ερώτημα της ειδικής ανακρίτριας, για ποιο λόγο διανυκτέρευε στη Μονή Βατοπεδίου κατά τις επισκέψεις του στο Άγιον Όρος, υποστηρίζει ότι ήταν θέμα αρχικής επιλογής, που έγινε το 2003. Όταν, δηλαδή, ταξίδεψε εκεί με το Θ. Ρουσόπουλο, ο οποίος είχε προγενέστερη γνωριμία με τον ηγούμενο Εφραίμ και το μοναχό Αρσένιο.
Σύμφωνα με την κατάθεση Αγγέλου η υπόθεση έχει σαφείς πολιτικές διαστάσεις, καθώς υπάρχει ανεπιτυχής προσπάθεια να πληγεί ο πρώην πρωθυπουργός και η δική του εμπλοκή οφείλεται στην εγγύτητά του με τον Κώστα Καραμανλή επί σειρά ετών.
Φέρεται επίσης να έχει καταθέσει ότι ο πρώην Πρωθυπουργός δεν γνώριζε το περιεχόμενο των σχετικών επιστολών διότι δεν ενημερωνόταν για την αλληλογραφία που έφτανε στο Μέγαρο Μαξίμου.
Αναφορικά με την συνομιλία του με τον Πέτρο Δούκα για το συγκεκριμένο θέμα, υποστηρίζει ότι έγινε τον Ιούλιο του 2004, ενώ αντίθετα ο κ. Δούκας ισχυρίζεται ότι έγινε τον Ιούνιο.
Κατά τον Αγγέλου ο πρώην υφυπουργός δεν θυμάται καλά, όπως επίσης δεν θυμάται ότι γνώριζε για τη Μονή και για το όλο θέμα πριν την επικοινωνία αυτή, δεδομένου ότι είχε απαντήσει σε σχετική ερώτηση του τότε βουλευτή Γ. Δραγασάκη το Μάιο του 2004.
Πολλοί εκτιμούσαν ότι η εγγύτητά του προς τον πρώην πρωθυπουργό του έδινε τη δυνατότητα πολιτικών παρεμβάσεων και επιρροής στις αποφάσεις του, κάτι που δεν είναι σωστό, σύμφωνα με τον Αγγέλου.
Κλείνοντας την απολογία του, επισημαίνει ότι δεν είναι από τους ανθρώπους που απήλαυσαν την εξουσία κι ότι, αντίθετα, αυτά τα χρόνια ήταν τα λιγότερο ποιοτικά χρόνια για τον ίδιο και την οικογένειά του.
