Την έντονη αντίδρασή της κατέθεσε και γραπτώς στον Οικουμενικό Πατριάρχη η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδος για το αίτημα του σλαβόφωνου κόμματος «Ουράνιο Τόξο» να διεξάγονται «λειτουργίες στη μακεδονική γλώσσα για τους Ορθόδοξους Χριστιανούς της μειονότητας των εθνικά Μακεδόνων στην Ελλάδα».
Σύμφωνα με την επιστολή που απέστειλε η Ιερά Σύνοδος «εκφράζεται η ανησυχία για το αίτημα των αυτοαποκαλουμένων “μακεδονοφώνων” κατοίκων της Ελλάδος και του πολιτικού φορέως της ωσαύτως αυτοαποκαλουμένης μειονότητος “των εν Ελλάδι μακεδόνων” περί τελέσεως της Θείας Λειτουργίας στο ιδίωμα της λεγομένης “μακεδονικής” γλώσσας και μάλιστα στην εθνικά ευαίσθητη περιοχή της Βορείου Ελλάδος».
H Ιερά Σύνοδος ωστόσο στην ίδια ανακοίνωση αποφάσισε να παρέμβει και το ζήτημα της αναθεώρησης του Ποινικού Κώδικα «τον οποίο εισηγείται η Νομοπαρασκευαστική Επιτροπή που συνέστησε ο τέως Υπουργός Δικαιοσύνης κ. Νικόλαος Παρασκευόπουλος και συγκεκριμένα για την κατάργηση των άρθρων 198, 199 και 201 που αφορούν στην κακόβουλη βλασφημία, στην καθύβριση θρησκευμάτων και στην περιύβριση νεκρού, γεγονός το οποίο θα έχει αρνητικά αποτελέσματα για το αγαθό της θρησκευτικής και κοινωνικής ειρήνης, θέμα που αφορά και όλες τις δραστηριοποιούμενες στον τόπο μας γνωστές θρησκείες».