Νόμιμες έκρινε το Συμβούλιο της Επικρατείας (ΣτΕ) με το υπ. αριθμόν 98/2012 πρακτικό του τις περισσότερες ρυθμίσεις του σχεδίου Προεδρικού Διατάγματος (ΠΔ) με τίτλο: «ιεραρχία, προαγωγές, αποστρατεία, ειδικές υποχρεώσεις και απαγορεύσεις προσωπικού Λιμενικού Σώματος Ελληνικής Ακτοφυλακής». Ωστόσο, το ΣτΕ «έκοψε» ως μη νόμιμη διάταξη του σχεδίου ΠΔ που επέτρεψε τη συμμετοχή προσωπικού του Λιμενικού Σώματος σε σωματεία και ενώσεις κερδοσκοπικού χαρακτήρα αλλά και διάταξη που προέβλεπε ότι κατ’ εξαίρεση το προσωπικό μπορεί κατόπιν έγκρισης του αρχηγού να ασκεί ιδιωτικό έργο ή εργασία με αμοιβή.
Ειδικότερα, το ΣτΕ έκρινε νόμιμη διάταξη του σχεδίου ΠΔ που προβλέπει ότι όσοι τελούν σε άδεια άνευ αποδοχών δεν κρίνονται και δεν προάγονται το διάστημα της αδείας τους. Αντίθετα, κρίνονται και προάγονται όσοι τελούν σε γονική άδεια, η οποία λογίζεται ως χρόνος πραγματικής υπηρεσίας.
Επίσης, νόμιμη κρίθηκε από το ΣτΕ διάταξη του σχεδίου ΠΔ που προβλέπει ότι στις κορυφαίες ηγετικές θέσεις του Λιμενικούς Σώματος κρίνονται προς προαγωγή όσοι κατέχουν τους προβλεπόμενους βαθμούς αντιναυάρχων ή υποναυάρχων (για το βαθμό του αρχηγού), υποναυάρχων ή αρχιπλοιάρχων (για το βαθμό υπαρχηγού και επιτελάρχη αρχηγείου) και αρχιπλοιάρχων (για το βαθμό υποναυάρχων) και είναι πράγματι εν ενεργεία. Αντίθετα, από τις προαγωγές αποκλείονται όσοι έχουν αποστρατευθεί ή όσοι είναι εν ενεργεία ύστερα από δικαστική απόφαση που τους δικαίωνε για τη μη προαγωγή τους. Η ρύθμιση αυτή, επισημαίνει το Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο, δικαιολογείται από επιτακτικούς λόγους δημοσίου συμφέροντος που ανάγονται στην ομαλή λειτουργία της στρατιωτικής υπηρεσίας.
Ακόμη, το ΣτΕ έκρινε νόμιμη τη ρύθμιση του σχεδίου ΠΔ που προβλέπει συμμετοχή του προσωπικού σε σωματεία ή ενώσεις φιλανθρωπικού, εκπαιδευτικού, εκπολιτιστικού και φυσιολατρικού χαρακτήρα. Παράνομη, όμως, είναι κατά το ΣτΕ διάταξη που επιτρέπει τη συμμετοχή προσωπικού του Λιμενικού Σώματος σε όλες τις άλλες περιπτώσεις σωματείων ή ενώσεων κερδοσκοπικού χαρακτήρα κατόπιν έγκρισης του αρχηγού του Λιμενικού. Η ρύθμιση αυτή κρίθηκε αντίθετη στο άρθρο 12 του Συντάγματος που προστατεύει το δικαίωμα του συνεταιρίζεσθαι.
Τέλος, το Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο έκρινε παράνομη, ως εκτός νομοθετικής εξουσιοδότησης του νόμου 3079/02, διάταξη του σχεδίου ΠΔ που προέβλεπε ότι κατ’ εξαίρεση το προσωπικό του Λιμενικού Σώματος μπορεί κατόπιν έγκρισης του αρχηγού να ασκεί ιδιωτικό έργο ή εργασία με αμοιβή εφόσον αυτά συμβιβάζονται με τα καθήκοντα της θέσης του.