Το 2004 έγιναν όλες οι απαραίτητες εργασίες ανακαίνισης και διαμορφώθηκαν νέες εκθέσεις στα μουσεία της Ολυμπίας: το Νέο Αρχαιολογικό και το Παλαιό ή «Σύγγρειον» που πήρε και τον τίτλο του Μουσείου της Ιστορίας των Ολυμπιακών Αγώνων της Αρχαιότητας.
Σήμερα οκτώ χρόνια μετά τις εργασίες τα προβλήματα με διαρροές από τα όμβρια ύδατα, προκαλούν «νευρικό κλονισμό» στην Εφορεία και στο υπουργείο αφού τα νερά και η υγρασία απειλούν σπάνια κομμάτια της αρχαιολογικής συλλογής, σύμφωνα με το dete.gr.
Σήμερα μια προθήκη στο νέο μουσείο, στην αίθουσα που είναι αφιερωμένη στο μεγάλο αρχιτέκτονα και γλύπτη Φειδία έχει αδειάσει και η βιτρίνα έχει καλυφθεί για να μη φαίνεται η γύμνια της. Νερά από κάποιο σημείο της οροφής πέφτουν στην προθήκη με αποτέλεσμα να κινδυνεύει να καταστραφεί.
Η προθήκη περιείχε πήλινα αρχιτεκτονικά μέλη από το εργαστήριο Φειδία με εξαιρετική διακόσμηση, κομμάτια που αποτελούν καμάρι του μουσείου και για αυτό έχουν και περίοπτη θέση σε αυτό.
Όμως και το παλαιό μουσείο της Ολυμπίας, το «Σύγγρειον» αντιμετωπίζει προβλήματα διαρροών με τα όμβρια ύδατα. Το πρόβλημα εδώ δεν είναι νέο αλλά από τον περασμένο χειμώνα. Μάλιστα τα νερά της βροχής έφταναν κατά κάποιο τρόπο στο υπόγειο και εκεί απειλήθηκε προς στιγμήν ο πανάκριβος εξοπλισμός της μοναδικής ψηφιακής έκθεσης. Μάλιστα χρησιμοποιούνται αντλίες για να απομακρυνθούν τα νερά όταν παρουσιάζεται το πρόβλημα.