Μία από τις πιο πολυσυζητημένες αντιπαραθέσεις μεταξύ κράτους και Εκκλησίας στην Ελλάδα, σημειώθηκε επί πρωθυπουργίας του Κώστα Σημίτη. Ήταν το 2000 όταν η κυβέρνησή του αποφάσισε να αφαιρέσει την αναγραφή του θρησκεύματος από τις αστυνομικές ταυτότητες, μια απόφαση που πυροδότησε έντονες αντιδράσεις από την Εκκλησία της Ελλάδας, με επικεφαλής τον Αρχιεπίσκοπο Χριστόδουλο.
Η απόφαση αυτό βασίστηκε στις υποδείξεις της Αρχής Προστασίας Προσωπικών Δεδομένων, η οποία έκρινε ότι η αναγραφή του θρησκεύματος στις ταυτότητες παραβίαζε τη Συνταγματική Αρχή της θρησκευτικής ελευθερίας και τις ευρωπαϊκές νομοθεσίες περί προστασίας προσωπικών δεδομένων. Η κυβέρνηση, θέλοντας να διατηρήσει συνέπεια στη δέσμευσή της για εκσυγχρονισμό του κράτους και εναρμόνιση με τα ευρωπαϊκά πρότυπα, αποφάσισε να προχωρήσει άμεσα στην υλοποίηση της απόφασης.
Η Εκκλησία της Ελλάδας, υπό την ηγεσία του Αρχιεπισκόπου Χριστόδουλου, αντέδρασε έντονα. Ο Χριστόδουλος κατηγόρησε την κυβέρνηση ότι επιχειρεί να «αποχρωματίσει» τη θρησκευτική ταυτότητα της χώρας και κάλεσε σε μαζική αντίσταση. Διοργανώθηκαν δύο μεγάλα συλλαλητήρια (λαοσυνάξεις), ένα στη Θεσσαλονίκη στις 14 Ιουνίου 2000 και ένα στην Αθήνα στις 21 Ιουνίου 2000, τα οποία συγκέντρωσαν εκατοντάδες χιλιάδες πολίτες. Παράλληλα, η Εκκλησία συγκέντρωσε περίπου τρία εκατομμύρια υπογραφές, ζητώντας τη διεξαγωγή δημοψηφίσματος για το θέμα.
Ο Κώστας Σημίτης, με την τεχνοκρατική και αποφασιστική προσέγγισή του, επέλεξε να παραμείνει ανυποχώρητος. Σε ομιλίες του τόνισε τη σημασία της εναρμόνισης με την Ευρώπη και υποστήριξε ότι το κράτος πρέπει να διατηρήσει τη θρησκευτική ουδετερότητά του. Ο Πρόεδρος της Δημοκρατίας, Κωνσταντίνος Στεφανόπουλος, στήριξε την απόφαση της κυβέρνησης, αρνούμενος να δεχθεί το αίτημα για δημοψήφισμα, τονίζοντας ότι η απόφαση ήταν σύμφωνη με το Σύνταγμα.
Η σύγκρουση αυτή άφησε βαθύ αποτύπωμα τόσο στις σχέσεις κράτους και Εκκλησίας όσο και στη δημόσια σφαίρα. Παρά την έντονη αντίδραση της Εκκλησίας, η απόφαση της κυβέρνησης υλοποιήθηκε, μετά από μία αντιπαράθεση, που διαμόρφωσε το κλίμα για τις μελλοντικές συζητήσεις γύρω από τον ρόλο της Εκκλησίας στο ελληνικό κράτος.
