Πλήθος εκκρεμοτήτων σχετικών με το μέλλον των εργαζόμενων της Αγροτικής Τράπεζας έχει δημιουργήσει η μεταβίβαση του υγιούς τμήματος της τράπεζας στην Τράπεζα Πειραιώς.
Η Τράπεζα της Ελλάδας, το Ταμείο Χρηματοπιστωτικής Σταθερότητας, το υπουργείο Οικονομικών και το υπουργείο Εργασίας βρίσκονται σε συντονισμό προκειμένου να διευθετήσουν σημαντικές νομικές και εκκρεμότητες και τεχνικά ζητήματα που προέκυψαν από τον διαχωρισμό της Αγροτικής.
Ένα από τα πιο ιδιαίτερα ζητήματα είναι αυτό των υποχρεώσεων της Αγροτικής προς το Ενιαίο Ταμείο Ασφάλισης Τραπεζοϋπαλλήλων (ΕΤΑΤ). Το ταμείο επικουρικής ασφάλισης της Αγροτικής Τράπεζας με τον Ν. 3566/2006 υπάχθηκε στο ΕΤΑΤ με τον νομοθέτη να έχει προβλέψει την καταβολή χρηματικού ποσού 380 εκατ. ευρώ από την Αγροτική Τράπεζα προς το ΕΤΑΤ.
Μέρος του ποσού αυτού έχει ήδη αποδοθεί, ωστόσο εκκρεμεί η εκταμίευση ενός σημαντικού μέρους το οποίο θα πρέπει να χορηγηθεί στο νεοσύστατο ΕΤΑΕ (Ενιαίο Ταμείο Επικουρικής Ασφαλίσεως). Την υποχρέωση αυτή καλείται αρχικά να την αναλάβει η Τράπεζα Πειραιώς, ωστόσο το ζήτημα παραμένει σε εκκρεμότητα.
Μεταξύ άλλων εκκρεμεί να διευκρινιστεί τι θα γίνει με το Ταμείο Υγείας Προσωπικού Αγροτικής Τραπέζης της Ελλάδος, αλλά κυρίως με τα εφάπαξ των υπαλλήλων της Αγροτικής Τραπέζης τα οποία χορηγεί το Ταμείο Αλληλοβοήθειας Προσωπικού Αγροτικής Τραπέζης.
Μέχρι σήμερα το μεσοσταθμικό εφάπαξ για όσους αποχωρούσαν με 30 χρόνια και πάνω από την Αγροτική Τράπεζα κυμαινόταν μεταξύ 55.000 – 60.000 ευρώ (ίσχυε πλαφόν περίπου στα 100.000 ευρώ). Οι υπάλληλοι λάμβαναν το βοήθημα από το Ταμείο Αλληλοβοήθειας, όταν κατοχύρωναν το δικαίωμα λήψης κύριας σύνταξης ή με τη συμπλήρωση 15ετίας.
Μέχρι τη 15ετία και εφόσον ο υπάλληλος δεν ελάμβανε κύρια σύνταξη, μπορούσε να λάβει επιστροφή εισφορών. Η αναμονή για την πληρωμή του εφάπαξ στην Αγροτική ήταν της τάξης των δύο μηνών μετά την αίτηση συνταξιοδότησης.
Πλέον τόσο το ύψος του εφάπαξ όσο και ο τρόπος καταβολής του αποτελούν θέματα προς επανεξέταση.