Εκτενείς αναφορές από τα μέσα ενημέρωσης των Σκοπίων, αλλά και αμηχανία προκάλεσαν οι αναφορές του Οικουμενικού Πατριάρχη Βαρθολομαίου για την αυτοαποκαλούμενη «Μακεδονική Ορθόδοξη Εκκλησία».
Ο Οικουμενικός Πατριάρχης, στην ομιλία του, την Κυριακή, στους εορτασμούς στην σερβική πόλη Νις για τα 1.700 χρόνια από το Διάταγμα των Μεδιολάνων, η οποία αναγνώσθηκε στη σερβική από τον Σέρβο Επίσκοπο της περιοχής Μπάτσκι, Ειρηναίο, χαρακτήρισε τη λεγόμενη «Μακεδονική Ορθόδοξη Εκκλησία»ως «μη χριστιανική, παραεκκλησιαστική οργάνωση που υποστηρίζεται από κρατικές δομές».
O Βαρθολομαίος, προχώρησε σε αυτούς τους χαρακτηρισμούς, αναφερόμενος στην υπόθεση του φυλακισμένου Αρχιεπισκόπου Αχρίδας Ιωάννη (σ.σ. έχει καταδικαστεί για υπόθεση κατάχρησης από Δικαστήριο της ΠΓΔΜ ενώ διεθνείς οργανώσεις, όπως και το Στέιτ Ντιπάρτμεντ, έχουν επικρίνει τις αρχές της ΠΓΔΜ για τις διώξεις εις βάρος του).
Οι αναφορές αυτές του Οικουμενικού Πατριάρχη, αρχικά, προκάλεσαν «σοκ» σε ιερείς της λεγόμενης «Μακεδονικής Ορθόδοξης Εκκλησίας» και σε αρκετά μέσα ενημέρωσης των Σκοπίων τα οποία τον επέκριναν ιδιαίτερα.
Πάντως, ο μητροπολίτης Τιμόθεος ο οποίος είναι και εκπρόσωπος της λεγόμενης «Μακεδονικής Ορθόδοξης Εκκλησίας» σημείωσε ότι θα περιμένει πρώτα να αναρτηθεί στην ιστοσελίδα του Οικουμενικού Πατριαρχείου η ομιλία αυτή του Βαρθολομαίου στην πόλη Νις και στη συνέχεια θα υπάρξει σχετική τοποθέτηση.
Η Ορθόδοξη Εκκλησία της ΠΓΔΜ (αυτοαποκαλείται ως «Μακεδονική Ορθόδοξη Εκκλησία») δεν προσκλήθηκε να συμμετάσχει στους εορτασμούς των 1.700 ετών από την έκδοση του διατάγματος των Μεδιολάνων, στην σερβική πόλη Νις.
Ο αρχιεπίσκοπος της λεγόμενης «Μακεδονικής Ορθόδοξης Εκκλησίας», Στέφανος, σχολίασε ότι η ορθόδοξη εκκλησία της χώρας δεν προσκλήθηκε για τους «γνωστούς λόγους» και πρόσθεσε ότι την ευθύνη γι΄αυτό φέρουν οι ορθόδοξες εκκλησίες του κόσμου.
Ο Στέφανος σημείωσε ότι «η «Μακεδονική Ορθόδοξη Εκκλησία» θα αναγνωριστεί από την Σερβική Ορθόδοξη Εκκλησία όταν επιλυθεί το ζήτημα της ονομασίας μεταξύ της Ελλάδας και της «Δημοκρατίας της Μακεδονίας».
Η Ορθόδοξη Εκκλησία της ΠΓΔΜ αποσχίσθηκε το 1967 από τους κόλπους του Σερβικού Πατριαρχείου και κήρυξε το αυτοκέφαλο της με την ονομασία «Μακεδονική Ορθόδοξη Εκκλησία», το οποίο δεν αναγνωρίζεται από καμία επίσημη ορθόδοξη εκκλησία του κόσμου.
