Μεγάλος είναι ο κίνδυνος να υποστεί ζημιές ο ενετικός φάρος του Ρεθύμνου ενώ η μελέτη για την αποκατάσταση των ύφαλων λιμενικών έργων, κατέδειξε ότι το πρόβλημα με τις σπηλαιώσεις που έχει διαπιστωθεί, τα τελευταία χρόνια, μεγαλώνει όσο περνάει ο καιρός και θα πρέπει να δρομολογηθούν άμεσα οι απαραίτητες εργασίες αποκατάστασης.
Σύμφωνα με τα Ρεθεμνιώτικα Νέα, από το Λιμενικό Ταμείο, το πόρισμα της μελέτης για τα μέτρα αποκατάστασης αναφέρει ότι πρέπει άμεσα να γίνουν «ενέσεις» με ειδικά υλικά στα πέτρινα κρηπιδώματα, ενώ επιβάλλεται ο καθαρισμός και η εκσκαφή στη λιμενολεκάνη, καθώς, κατά τη διάρκεια της προ μηνών φωτογραφικής αποτύπωσης, διαπιστώθηκε ότι στον βυθό του ενετικού λιμανιού βρίσκονται άγκυρες, τεμάχια σκυροδέματος, σκουπίδια και πολλά άλλα αντικείμενα.
Παράλληλα, στο τεχνικό πρόγραμμα του δήμου Ρεθύμνου για το έτος 2011 περιλαμβάνεται η φωτογραμμετρική αποτύπωση του τείχους του φάρου στο ενετικό λιμάνι προϋπολογισμού 12.500 ευρώ, όπως και η σάρωση (σκανάρισμα) των τειχών του φρουρίου της Φορτέτζας ύψους 11.300 ευρώ.
Υπενθυμίζεται, ότι τα τελευταία χρόνια έχει διαπιστωθεί καθίζηση και αποσυναρμολόγηση τμημάτων του πέτρινου κρηπιδώματος του λιμανιού, γεγονός που έχει θέσει σε κίνδυνο τον ενετικό φάρο.
Μετά την πλήρη καταγραφή που πραγματοποιήθηκε στον βυθό, επιχειρείται η συνολική αντιμετώπιση των προβλημάτων, αν και είναι πιθανό να δοθεί προτεραιότητα σε κάποια σημεία και οι εργασίες να γίνουν σταδιακά.