Οδηγίες σχετικά με την ταχύτερη επιστροφή του ΦΠΑ σε επιχειρήσεις δίνει με εγκύκλιό του στις Εφορίες ο γενικός γραμματέας Δημοσίων Εσόδων.
Σύμφωνα με την εγκύκλιο η επιστροφή επιβάλλεται και από τον νόμο, αφού επιστροφές σε διάστημα μεγαλύτερο των 90 ημερών από την υποβολή της αίτησης επιστροφής επιβαρύνονται με τόκο σε βάρος του δημοσίου.
Η Γενική Γραμματεία Πληροφοριακών Συστημάτων απέστειλε στις Εφορίες δύο αρχεία με στοιχεία νέας επεξεργασίας αιτήσεων ΦΠΑ που έχουν υποβληθεί από τις 28 Αυγούστου έως τις 22 Οκτωβρίου 2013.
Στο πρώτο περιλαμβάνονται αιτήσεις οι οποίες διεκπεραιώνονται χωρίς έλεγχο και στο δεύτερο περιλαμβάνονται οι αιτήσεις για τις οποίες θα πρέπει να προηγηθεί έλεγχος πριν την επιστροφή του φόρου αφού υπάρχουν ενδείξεις φορολογικών παραβάσεων.
Όπως διευκρινίζεται στην εγκύκλιο η επιλογή των υποθέσεων για έλεγχο θα πρέπει να γίνει μέσα σε διάστημα πέντε ημερών, με παράλληλη ενημέρωση της Διεύθυνσης Επιχειρησιακού Σχεδιασμού.