Ο πάπας Φραγκίσκος άσκησε και πάλι δριμεία κριτική σε ορισμένα μέλη της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας, αφήνοντας να εννοηθεί ότι είναι προτιμότερο να είναι κανείς άθεος παρά ένας από τους «πολλούς» Καθολικούς που κάνουν μια διπλή, υποκριτική ζωή.
Μιλώντας αυθόρμητα στην ιδιωτική, πρωινή λειτουργία στην κατοικία του, ο προκαθήμενος της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας είπε: «Είναι σκάνδαλο να λες το ένα και να κάνεις το άλλο. Αυτό είναι διπλή ζωή. Υπάρχουν αυτοί που λένε «Είμαι πιστός Καθολικός, πάντα πηγαίνω στη λειτουργία, ανήκω στην τάδε και τη δείνα οργάνωση»«.
«Ταυτόχρονα όμως κάποιοι από αυτούς τους «πιστούς» λένε: «Η ζωή μου δεν είναι χριστιανική, δεν πληρώνω στους υπαλλήλους μου τον σωστό μισθό, εκμεταλλεύομαι τους ανθρώπους, κάνω βρομοδουλειές, ξεπλένω χρήμα, κάνω διπλή ζωή», συνέχισε.
«Υπάρχουν πολλοί Καθολικοί που είναι έτσι και σκανδαλίζουν. Πόσες φορές ακούσαμε όλοι μας κάποιους να λένε: αν αυτός είναι Καθολικός, καλύτερα να είμαι άθεος;» διερωτήθηκε.
Μετά την εκλογή του στο αξίωμα, το 2013, ο Φραγκίσκος καλεί συχνά τους Καθολικούς, τόσο τους ιερείς όσο και τους λαϊκούς, να τηρούν όσα διδάσκει η θρησκεία τους. Έχει καταδικάσει τη σεξουαλική κακοποίηση παιδιών από ιερείς, έχει δηλώσει ότι οι Καθολικοί μέλη της μαφίας «θέτουν εαυτούς εκτός της Εκκλησίας» και έχει καλέσει τους καρδινάλιους να μην συμπεριφέρονται σαν να είναι «πρίγκιπες».
Στο παρελθόν ο πάπας έχει καλέσει τους Χριστιανούς να θεωρούν τους άθεους καλούς ανθρώπους αν κάνουν καλές πράξεις.