Το Συμβούλιο της Επικρατείας ακύρωσε αποφάσεις πειθαρχικού συμβουλίου, με τις οποίες είχε επιβάλει σε ελεγκτή του ΣΔΟΕ την ποινή της υποβάθμισης κατά ένα βαθμό, αλλά και της οριστικής απόλυσης, για δυο διαφορετικές περιπτώσεις, καθώς κατηγορήθηκε για εκβίαση και παθητική δωροδοκία στη μία περίπτωση και ξέπλυμα βρώμικου χρήματος στη δεύτερη, αλλά τελικά αθωώθηκε με αμετάκλητες δικαστικές αποφάσεις.
Ειδικότερα, σε βάρος υπαλλήλου του ΣΔΟΕ που υπηρετούσε σε νησί του Αιγαίου, τον Ιανουάριο του 2002 ασκήθηκε από τον υπουργό Οικονομικών πειθαρχική δίωξη για τα παραπτώματα: 1) της παράβασης καθήκοντος κατά τον ποινικό νόμο και 2) της χαρακτηριστικής ανάξιας υπαλλήλου διαγωγής εντός της υπηρεσίας.
Στον επίμαχο εφοριακό καταλογίστηκε ότι τον Σεπτέμβριο του 1998 κατά τη διάρκεια ελέγχου σε επιχείρηση απαίτησε και πήρε το ποσό των 3.961,8 ευρώ για τον ίδιο και άλλα μέλη του τριμελούς συνεργείου ελέγχου, προκειμένου να μην προβούν σε έλεγχο κλειστής αποθήκης, καθώς η επιχείρηση εμφάνιζε υψηλό πιστωτικό υπόλοιπο.
Παράλληλα, ασκήθηκε σε βάρος του και ποινική δίωξη για εκβίαση και παθητική δωροδοκία. Το 2002 πρωτόδικα καταδικάστηκε, αλλά κατόπιν εφέσεως κρίθηκε αθώος από το Εφετείο για την εκβίαση και ένοχος για την παθητική δωροδοκία. Αθωώθηκε, καθώς κρίθηκε ότι η παράλειψή του να ενεργήσει έλεγχο κλειστής αποθήκης οφείλεται αποκλειστικά στην έλλειψη βιβλίου απογραφών ελεγχόμενης επιχείρησης. Στη συνέχεια, κατόπιν αναίρεσης αθωώθηκε και από την δεύτερη κατηγορία αυτή της παθητικής δωροδοκίας.
Τόσο από το Πρωτοβάθμιο όσο και από το δευτεροβάθμιο πειθαρχικό συμβούλιο ο επίμαχος εφοριακός κρίθηκε ένοχος του παραπτώματος «της χαρακτηριστικής ανάξιας υπαλλήλου διαγωγής εντός υπηρεσίας» και του επιβλήθηκε η ποινή της οριστικής παύσης.
Τον Νοέμβριο του 2002 ασκήθηκε από τον υπουργό Οικονομικών δεύτερη πειθαρχική δίωξη για ανακριβή δήλωση «πόθεν έσχες» του έτους 1999, καθώς προέκυψε ότι από την αγορά μετοχών αξίας 77.182,6 ευρώ, το ποσό των 35.907 ευρώ δεν καλυπτόταν από εμφανή και δηλωθέντα εισοδήματα.
Το πρωτοβάθμιο και το δευτεροβάθμιο πειθαρχικό συμβούλιο (Σεπτέμβριος 2005) του επέβαλε την ποινή του υποβιβασμού κατά ένα βαθμό, ενώ παράλληλα ασκήθηκε σε βάρος του ποινική δίωξη για νομιμοποίηση εσόδων από εγκληματικές δραστηριότητες (ξέπλυμα βρώμικου χρήματος) κατά την τετραετία 1998-2002. Όμως με βούλευμα κρίθηκε ότι «δεν προέκυψαν σοβαρές ενδείξεις τέλεσης του αδικήματος» του ξεπλύματος βρώμικου χρήματος.
Και αυτό γιατί κατόπιν άρσης του τραπεζικού απορρήτου και τον έλεγχο που διενεργήθηκε, δεν προέκυψε «πλουτισμός» του υπαλλήλου της ΣΔΟΕ, αλλά αντίθετα αντιστοιχία των εισοδημάτων του και των δηλώσεων «πόθεν έσχες».
Κατόπιν αυτών, οι σύμβουλοι Επικρατείας του Γ’ Τμήματος του ΣτΕ έκαναν δεκτή την αίτηση του εφοριακού και ακύρωσαν τις πειθαρχικές αποφάσεις.
Οι δικαστές, αφού ερμήνευσαν την σύμβαση της Ρώμης για την προστασία των δικαιωμάτων του ανθρώπου και των θεμελιωδών ελευθεριών, αποφάνθηκαν ότι «τόσο ο πειθαρχικός δικαστής, όσο και το Συμβούλιο της Επικρατείας, όταν δικάζει επί υπαλληλικής προσφυγής (του άρθρου 103 παράγραφος 4 του Συντάγματος), δεσμεύονται από την κρίση που περιέχεται σε αμετάκλητη αθωωτική απόφαση ποινικού δικαστηρίου ή σε αμετάκλητο απαλλακτικό βούλευμα ως προς την ύπαρξη ή ανυπαρξία των πραγματικών περιστατικών, που στοιχειοθετούν την αντικειμενική υπόσταση πειθαρχικού παραπτώματος, ανεξαρτήτως του αν η εν λόγω κρίση εξήχθη μετά ή άνευ αμφιβολιών, υπό την προϋπόθεση ότι τα εν λόγω πραγματικά περιστατικά για τα οποία διώχθηκε ποινικώς, αλλά τελικώς αθωώθηκε ο υπάλληλος -και ως προς την ύπαρξη ή ανυπαρξία των οποίων εξέφερε κρίση το ποινικό δικαστήριο-, ταυτίζονται πλήρως με εκείνα τα οποία αποτέλεσαν τη βάση της πειθαρχικής δίωξης».