Εκτεταμένες κυκλοφοριακές ρυθμίσεις εφαρμόζονται σήμερα για τον Μαραθώνιο σε πολλές οδικές αρτηρίες. Όσοι θέλουν να φτάσουν το κέντρο της Αθήνας μπορούν να χρησιμοποιήσουν το Μετρό και τον ΗΣΑΠ, αφήνοντας το αυτοκίνητό τους.
Λόγω των περιορισμών στην κυκλοφορία οι οδηγοί μπορούν να ακολουθούν τα παρακάτω ενδεικτικά εναλλακτικά δρομολόγια:
Από Λιμάνι Ραφήνας προς Αθήνα, μέσω Αρτέμιδος (Λούτσας) : Λιμάνι Ραφήνας – αριστερά Χρ. Σμύρνης – δεξιά Λεωφ. Καραμανλή – Λεωφ. Σπάτων – δεξιά περιφερειακός Δημάρχου Χρ. Μπέκα – δεξιά Λεωφ. Σπάτων – αριστερά Θεοτοκοπούλου (Ολυμπιονικών) και στη συνέχεια: Προς Χαλάνδρι, Βριλήσσια κ.λπ.: Κόμβο Λεονταρίου – δεξιά Λεωφ. Λαυρίου – κάθετη διέλευση Σταυρού – Κλεισθένους κ.λπ. Προς Αγ. Παρασκευή, Χολαργό, Παπάγου, Ηλιούπολη κ.λπ.: Δεξιά Λεωφ. Λαυρίου – αριστερά Τρικάλων (πριν Κόμβο Σταυρού) – δεξιά Γραβιάς – δεξιά Αγ. Ιωάννου – αριστερά Τασσοπούλου κ.λπ. Προς Νότια Προάστια: Κόμβο Λεονταρίου – αριστερά Λεωφ. Λαυρίου – δεξιά Λεωφ. Κορωπίου / Βάρης κ.λπ. Από Μαραθώνα προς Βόρεια Προάστια – Λιμάνι Πειραιά και Παναθηναϊκό Στάδιο: Μέσω οδού Δημοκρατίας – αριστερά Λεωφ. Λίμνης Μαραθώνος – δεξιά Χελμού – αριστερά Κρυονερίου – αριστερά Ν.Ε.Ο.Α.Λ.- συνέχεια Λ. Κηφισού κ.λπ. Από Νέα Μάκρη προς Βόρεια Προάστια: Μέσω Λεωφ. Διονύσου – Αγίου Πέτρου. Πεζοί και ποδηλάτες δεν επιτρέπεται να διασχίζουν ή να κινούνται στο οδόστρωμα κατά μήκος της Μαραθώνιας διαδρομής, κατά τις ώρες που διεξάγεται ο αγώνας.
