Η αναφορά της συζύγου του στη λίστα Λαγκάρντ δεν είναι ο μοναδικός πονοκέφαλος του Γιάννου Παπαντωνίου, καθώς τέσσερις υποθέσεις για συμβάσεις εξοπλιστικών προγραμμάτων που χειρίστηκε ως υπουργός Εθνικής Άμυνας έχουν μπει στο «μικροσκόπιο» του Τμήματος Οικονομικού Εγκλήματος της Εισαγγελίας Πρωτοδικών.
Πιο συγκεκριμένα, όπως αναφέρει η Real News, η Εισαγγελία ερευνά τη νομιμότητα των συμβάσεων για τον εκσυγχρονισμό έξι φρεγατών αξίας 381,5 εκατ. ευρώ το 2003, την αγορά αρμάτων μάχης τύπου Leopard, την αγορά 12 ελικοπτέρων Apache και την προμήθεια συστημάτων ηλεκτρονικού πολέμου.
Επίσης, για δύο υποθέσεις, τον εκσυγχρονισμό των γερμανικών υποβρυχίων , στον οποίο εμπλέκεται και ο Άκης Τσοχατζόπουλος, και το σύστημα αυτοπροστασίας των 60 αεροσκαφών F-16, ήδη ανακρίνονται τα μη πολιτικά πρόσωπα, ενώ οι δικογραφίες για τα πολιτικά έχουν ήδη αποσταλεί στη Βουλή, βάσει του νόμου «Περί ευθύνης υπουργών».
