Σχέδιο αναδιάρθρωσης της ΤΡΑΙΝΟΣΕ προβλέπεται να εξασφαλίσει κερδοφορία στον οργανισμό στο προσεχές μέλλον. Οι βασικές κατευθύνσεις του σχεδίου περιλαμβάνουν τη μείωση προσωπικού, εξορθολογισμό των υπερωριών, περικοπές δρομολογίων και αυξήσεις στις τιμές των εισιτηρίων και των κομίστρων μεταφοράς και εμπορευμάτων.
Οι παραπάνω μεταρρυθμίσεις αναμένεται να συρρικνώσουν την μισθολογική δαπάνη από 116,7 εκατομμύρια που ήταν το 2009 σε μόλις 47,5 εκατομμύρια ευρώ το 2013. Παράλληλα, οι περικοπές συγκεκριμένων ζημιογόνων δρομολογίων που το 2009 γέννησαν λειτουργικές ζημίες ύψους 50,5 εκατομμυρίων ευρώ σε περίπτωση που λειτουργούσαν θα γεννούσαν ζημίες 34,12 εκατομμύρια.
Σύμφωνα με το επιχειρησιακό σχέδιο της ΤΡΑΙΝΟΣΕ η εταιρία θα αποκτήσει μεικτά κέρδη από το 2011 ύψους 26 εκατομμυρίων ευρώ τα οποία έως το τέλος του 2013 θα διαμορφωθούν στα 33,7 εκατομμύρια.