Ο οικονομικός εισαγγελέας Γρηγόρης Πεπόνης διέταξε έρευνα από την Γενική Διεύθυνση Δημοσιονομικού Ελέγχου, με αφορμή διαδικτυακό δημοσίευμα του Μιχάλη Καρχιμάκη, με το οποίο ο πρώην υπουργός κατήγγειλε τη διοίκηση του Φεστιβάλ Αθηνών για έλλειψη διαφάνειας στη διαχείριση των πόρων της εταιρείας.
Σύμφωνα με τον κ. Καχριμάκη, «δέκα εκατ. ευρώ φέρεται να δαπανώνται ετησίως με αδιαφάνεια», ενώ δεν υπάρχει κανένας έλεγχος και «δεν αναρτώνται συστηματικά στη Διαύγεια οι αποφάσεις του συνόλου των δαπανών, ούτε και των υπηρεσιακών μεταβολών, παρά ελάχιστες επουσιώδεις για ξεκάρφωμα».
Κατά τον πρώην υπουργό «η διοίκηση εξαφανισμένη κάνει τουρισμό με έξοδα του φεστιβάλ», ενώ γίνονται προσλήψεις χωρίς ΑΣΕΠ και «περίεργες αναθέσεις».
Βάσει του καταστατικού ιδρύσεως του Φεστιβάλ, το 1998, οι πόροι της εταιρείας προέρχονται από την επιχορήγηση του τακτικού προϋπολογισμού του κράτους, το ποσοστό από τις εισπράξεις των καζίνων, τις χορηγίες και τα έσοδα από τις παραστάσεις και τις παραχωρήσεις των χώρων της. Ο φετινός προϋπολογισμός ανήλθε στα 3,6 εκατομμύρια ευρώ, ενώ, στα έσοδά του περιλαμβάνονται και χορηγίες για εκδηλώσεις.