Επιβεβλημένη είναι η προστασία του υγροτόπου Βουρκάρι Μεγάρων υπογραμμίζει σε γνωμοδότηση του το Συμβούλιο της Επικρατείας κρίνοντας νόμιμο το Προεδρικό Διάταγμα για τον χαρακτηρισμό της περιοχής ως περιφερειακό πάρκο.
Το Ε΄ Τμήμα του Ανώτατου Ακυρωτικού Δικαστηρίου τονίζει ( υπ΄ αριθμ. 12/2015 γνωμοδότησή) ότι θα πρέπει άμεσα το επίμαχο Προεδρικό Διάταγμα να δημοσιευθεί στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως καθώς όπως προκύπτει από γνωμοδοτήσεις της Ευρωπαϊκής Ένωσης, ειδική μελέτη, έκθεση του Συνηγόρου του Πολίτη και του Οργανισμού της Αθήνας, ο επίμαχος υγρότοπος έχει υποβαθμισθεί και πρέπει «να αποτραπεί η περαιτέρω δημιουργία μη αναστρέψιμων καταστάσεων στην περιοχή».
Το επίμαχο διάταγμα, μεταξύ άλλων, προβλέπει :
• Εντάσσεται στη ζώνη προστασίας το θαλάσσιο τμήμα του κόλπου της Αγίας Τριάδας που τροφοδοτεί τον υγρότοπο.
• Δημιουργείται περιφερειακή ζώνη με χρήσεις του πρωτογενούς τομέα που θα λειτουργεί ανασχετικά ως προς τη ρύπανση και τις λοιπές επιβαρυντικές για τον υγρότοπο πιέσεις,
• Περιορίζεται η θεσμοθετημένη της εντός του υγροτόπου βιομηχανικής ζώνης
• Στο χερσαίο τμήμα του υγροτόπου Βουρκάρι και στην χερσονήσου της Αγίας Τριάδας, αποδίδονται χρήσεις έρευνας, εκπαίδευσης και αναψυχής, που θα λειτουργούν προστατευτικά για τον υγρότοπο ενώ προβλέπεται οργάνωση της ζώνης ως υγροτοπικού πάρκου και η δυνατότητα δημιουργίας ενός κέντρου ενημέρωσης και παρατηρητηρίων της ορνιθοπανίδας.
