Στις 27 Σεπτεμβρίου του 1831 ο Ιωάννης Καποδίστριας, κατευθύνεται στον Ιερό Ναό του Αγίου Σπυρίδωνα, για να παρακολουθήσει την κυριακάτικη θεία λειτουργία, όπως συνήθιζε κάθε Κυριακή. Τον Καποδίστρια συνοδεύει μόνο ο Κρητικός μονόχειρας σωματοφύλακας του Γεώργιος Κοζώνης.
Στο δρόμο προς την εκκλησία, συναντά τους Κωνσταντίνο Μαυρομιχάλη και Γεώργιο Μαυρομιχάλη, οι οποίοι αφού τον χαιρετούν τον προσπερνούν και καταλαμβάνουν θέσεις δεξιά και αριστερά της μικρής πόρτας του Ναού. Πλησιάζοντας προς την εκκλησία τον πυροβολεί πρώτος ο Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης. Η σφαίρα τον βρίσκει στο κεφάλι. Ο Εθνικός Κυβερνήτης πέφτει αιμόφυρτος.
Τότε ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης πλησιάζει προς το μέρος του και με το μαχαίρι του τον καρφώνει πολλές φορές. Ο λαός που ήταν συγκεντρωμένος στο σημείο, στην αρχή έκπληκτος και άφωνος παρακολουθεί το πρωτοφανές αυτό φονικό. Αμέσως μετά αρχίζει να καταδιώκει τους δολοφόνους οι οποίοι εκλιπαρούν το έλεος των διωκτών τους.
Ο κόσμος εξαγριωμένος λίντσαρε μέχρι θανάτου τον Κωνσταντίνο Μαυρομιχάλη και τον πέταξε στη θάλασσα. Αμέσως μετά απαίτησαν από την πρεσβεία της Γαλλίας, όπου είχε βρει καταφύγιο ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης, την παράδοση του. Λίγες ημέρες αργότερα το δικαστήριο τον καταδίκασε σε θάνατο και εκτελέστηκε.
Η νεκροψία και η ταρίχευση από τον προσωπικό του φίλο
Το άψυχο σώμα του Ιωάννη Καποδίστρια μεταφέρθηκε από το πλήθος στο Κυβερνείο του Ναυπλίου. Την νεκροψία πραγματοποίησαν δύο ώρες μετά το φονικό, οι γιατροί Σ. Καρβελάς, Δ. Τράϊμπερ, Α. Παπαδόπουλος- Βρετός και Ν. Μαράτος. Ο Ιταλός φιλέλληνας και προσωπικός του φίλος Βονιφάτιο Βοναφίν ήταν εκείνος που ανέλαβε λίγες ώρες μετά να τον ταριχεύσει.
Ήταν ο ιδιοκτήτης του πρώτου φαρμακείου στην Ελλάδα, το οποίο βρισκόταν στο Ναύπλιο. Τα σπλάχνα του Ιωάννη Καποδίστρια τοποθετήθηκαν σε μια πολυτελή θήκη και θάφτηκαν στο Άγιο Βήμα της εκκλησίας του Αγίου Σπυρίδωνος. Το άψυχο σώμα του μεταφέρθηκε μέσα σε ένα γυάλινο φέρετρο και στη συνέχεια τοποθετήθηκε σε ένα μαρμάρινο υπόβαθρο στην είσοδο του Κυβερνείου.
Στη συνέχεια εκτέθηκε σε λαϊκό προσκύνημα για σαράντα μέρες. Χιλιάδες άνθρωποι από κάθε μέρος της χώρας το ασπάστηκαν τιμώντας έτσι τον πρώτο Κυβερνήτη της χώρας. Έξι μήνες μετά μεταφέρθηκε με ρώσικο πολεμικό πλοίο στη γενέτειρα του, την Κέρκυρα. Τάφηκε στον οικογενειακό τάφο στο Μοναστήρι της Παναγίας, με τη λιτή επιγραφή ««Ιωάννης Καποδίστριας Κυβερνήτης της Ελλάδας».
Το πρώτο φαρμακείο της Ελλάδας στο Ναύπλιο όπου έγινε η ταρίχευση
Ο Βονιφάτιος Βοναφίν υπήρξε ο πρώτος φαρμακοποιός του νεοελληνικού κράτους. Οι δύο άνδρες ήταν φίλοι και εκτιμούσε απεριόριστα ο ένας τον άλλον. Ο Βοναφίν είχε σπουδάσει Φαρμακευτική στο Πανεπιστήμιο της Πάντοβας, όπου σπούδαζε και ο Καποδίστριας Ιατρική.
Το 1828 ο Βοναφίν, αποφασίζει να μετακομίσει στο Ναύπλιο από την Τεργέστη, επηρεασμένος από το φιλελληνικό πνεύμα της περιόδου. Ο Βοναφίν ανοίγει στην πλατεία Ναυάρχων στο Ναύπλιο το πρώτο φαρμακείο με το όνομα «Ο Σωτήρ». Το φαρμακείο συνέχισε να προσφέρει τις υπηρεσίας του για παραπάνω από εκατό έτη ώσπου έκλεισε το 1972. Το κτίριο στο οποίο λειτούργησε το πρώτο φαρμακείο βρίσκεται δίπλα ακριβώς από το Δημαρχείο της πόλης και σώζεται μέχρι και σήμερα.
Σε αυτόν τον χώρο ο Βοναφίν ταρίχευσε το νεκρό σώμα του Ιωάννη Καποδίστρια προκειμένου αυτό να μεταφερθεί και να ταφεί στην Κέρκυρα. Στην πρόσοψη του κτιρίου υπάρχει εντοιχισμένη μαρμάρινη πλάκα στην οποία αναγράφονται τα λόγια:
Η αποφυγή της δημοπρασία του την τελευταία στιγμή
Το πρώτο φαρμακείο της χώρας μετά το θάνατο του Βοναφίν πέρασε στην κατοχή της συζύγου του. Λίγα χρόνια αργότερα στη διαθήκη της η χήρα του Βοναφίν παρέδωσε την κυριότητα του κληροδοτήματος στην εκκλησία. Το φαρμακείο που βρίσκεται στην Πλατεία Ναυάρχων γλίτωσε κυριολεκτικά την τελευταία στιγμή από την δημοπρασία. Το ακίνητο είχε περάσει στα χέρια τριών ναών του Ναυπλίου, οι οποίοι όμως λόγω των οικονομικών δυσχερειών αποφάσισαν να το βγάλουν στο σφυρί και πιο συγκεκριμένα σε δημοπρασία το 2013.
Η εξέλιξη αυτή ξεσήκωσε τους κατοίκους της περιοχής, οι οποίοι άσκησαν μεγάλη πίεση, κάτι που τελικά απέδωσε. Έπειτα από επικοινωνία που είχε ο δήμαρχος Ναυπλιέων με το διοικητικό συμβούλιο του κληροδοτήματος πέτυχε την επ’ αόριστον αναβολή της δημοπρασίας.
